十一月二十日，中央研究院筹备委员会召开成立大会，通过了《中央研究院组织大纲》，确定设立理化研究所、地质研究所、社会科学（即社会学）研究所、观象台四个研究机构，待条件成熟后再陆续增设其他研究机构。
从中央研究院的下属研究机构设置来看，它最初的研究方向偏重于自然科学方面。
傅斯年认为，现代的历史学、语言学与传统的学术有根本的区别，它使用的是科学方法，是与生物学、地质学等自然科学相同的手段，它与自然科学的差别，仅在于学科的分工不同。就是说，历史学、语言学可以建设得如同生物学、地质学一样，成为一门科学。
傅斯年极力向蔡元培陈述这两项研究工作的重要性，建议在中央研究院中设立历史语言研究所。
一九二八年三月，中华民国大学院批准了傅斯年的提议，聘请傅斯年、顾颉刚、杨振声为中央研究院历史语言研究所常务筹备委员。
四月十日，国民党政府公布《修正国立中央研究院组织条例》，规定中央研究院“为中华民国最高科学研究机关”，其宗旨为“实行科学研究，并指导、联络、奖励全国研究事业，以谋科学之进步，人类之光明。”
十一月，国民政府公布《国立中央研究院组织法》，规定中央研究院与中华民国大学院脱离隶属关系，成为独立的研究机构。
此前，傅斯年已辞去中山大学教职，专门从事筹建历史语言研究所的工作，筹备处办公地点设在广州中山大学校内。
一九二八年九月，傅斯年就任中央研究院历史语言研究所所长。
十月十四日，傅斯年主持召开中央研究院历史语言研究所第一次会议，宣布人员和组织机构。
二十一日召开第二次所务会，决定将该所迁至广州市东山恤孤院后街三十五号柏园。
次日，中央研究院历史语言研究所迁至新址。至此，中央研究院历史语言研究所宣告正式成立。
十一月，傅斯年辞去中山大学语言历史研究所所长职务，该职务由顾颉刚继任。
广州越秀区恤孤院路十二号，是一处名为“柏园”的建筑群落。两栋相对独立的三层小楼由北侧的一组连廊连接起来，构成一个近似“凹”字形的平面。
楼前的小院、院内的榕树，红砖的外墙、雕花的栏杆，与老东山新河浦一带众多的建于二十世纪前半叶的“洋楼”类似，柏园有一种在城央之地闹中取静的独特韵味，给人一种“穿越”的感觉。
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