古代两河流域的医学与巫术紧密相连。早期的行医治病几乎被完全操纵在巫师的手中，生病原因大多被臆测成诸如魔鬼附身或神灵的惩罚之类。
治疗手段因此常常是用咒语驱鬼去魔的一类神秘仪式。在巫师或医生眼里，病人即是罪人，他的呻吟是对罪恶的掩饰，以免人们察觉他体内的恶鬼。
这样，在治疗病人时，医生或巫师会列举一系列病人有意或无意犯下的罪过，一旦某项得到承认，医生就找到了病人身里的罪恶，可以下药驱邪了。
如果驱邪不奏效，医生还会想出别的
“疗法”来诱使
“邪魔”离开病人。比如
“转移疗法”：找一只身体各部分或比例与患者有些类似的乳猪，念咒希望恶魔转移到猪身上。
有些时候用芦苇代替猪。还有一种方法是送给
“邪魔”礼物。例如，要是女鬼缠身，人们以食品、首饰、毛驴或舟楫贿赂她，让她穿沙漠，渡地河，带着食品和首饰远离病人，回到地府。
人们逐渐地意识到巫术的不可靠。到公元前1千纪前后，具有科学性的较为合理的医疗手段被应用了。
亚述的萨尔贡王朝时期，社会上有了专门的治病的医生。他们使用一些有疗效的药物、草药和治疗方法，也使用金属管和手术刀为病人做手术。
不过，古代医学治疗和巫术很难严格区分，二者常常被同时使用。在药物治疗中也渗入了巫术活动，巫术仪式过程中也使用有效的药物。
占卜吏通过观察各种疫情发生和传播现象所作出的瘟疫预言也包含了一定的科学道理。
我们目前对于两河流域医药方面的知识主要来源于记载药方的泥板文书。
医学泥板文书有固定的格式：开始是
“如果一个人有病……”，
“如果一个人身体苦痛”之类的话；接着是对症状的详细叙述，包括患者的感觉和某些特征，最后是医生的指示，包括药方、服用时间和方法。
一般药方都会对治疗结果做出一个预言。如
“你会病愈”或
“
“你难逃厄运”。关于医药方面的记载不是很多。有时私人信件、法律条文和文学作品中也提到医生和行医活动。
在巫术驱魔的过程中，由于病人被认为是邪魔缠身，病人的排泄物有时也成为药方之一。
草药可能是逐渐发现和使用的。同中国的草药制作相似，两河流
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