向西追击，只遭遇零星抵抗。金初麟建议在怒江西岸磨盘山设伏。由于叛徒出卖，伏击未能完全成功，但还是给吴军沉重的打击，使吴三桂不敢追出国门，为南明残部赢来两年多喘息时间。
南明军残部三路进入缅甸，北路白文选部万余人，中路永历帝和沐天波等朝臣及家口一千四百人，南路李定国万余人。而缅王他格利性格怯懦，同情南明君臣，但见数万明军入境又心存疑惧。缅邦将南明君臣迎至王都阿瓦附近，将他们解除武装，分为水陆二路行进，并瓦解陆路八百余人，将剩余人当作人质，在阿瓦附近设集中营监督控制。
吴三桂回师昆明，清世祖诏命他镇守云南。吴三桂担忧“兔死狗烹”，向老师洪承畴和幕僚请教“自固之策”。洪承畴教他“不可使云南一日无事”，谋士刘茂遐从政治、军事、经济全面推论，提出“镇滇十策”。当时云南的巨额军费开支使朝廷不堪重负，朝中传起撤军裁军的呼声。为了保存军事实力，也为了在云南进一步制造事端以自固，吴三桂向清廷呈奏《三患二难疏》，提出“出兵入缅，斩断南明根苗”的建议，获清廷诏准。
李定国和白文选率军前往营救永历，与缅军发生“锡江大战”，重创缅军。缅国发生政变，王弟莽猛白夺取政权，对南明采取更强硬的政策，一面与明军作军事对抗，一面联络清军入缅。与缅军在阿瓦相持一段时间，南明军因缺粮和疾疫流行不得不撤走。缅王制造“咒水之难”（让永历臣下喝“咒水”向缅王表忠心，实际以毒水杀之），只留下永历父子及少数近臣，以便押送至吴三桂军营。沐天波见缅兵残酷虐杀妇女儿童，刀劈凶手，壮烈牺牲。白文选残部被清军合围，为挽救数千随军妇幼的生命只好投降。历经磨难的永历帝父子被押送到昆明，在五华山下被绞杀。李定国率残部屯驻云南边境勐腊，得知永历被害，营救无策，悲愤而病死。金初麟自杀身亡。
吴三桂全面实施“镇滇十策”。他在昆明扩府造园，金屋藏娇，享声色之乐。他残酷地镇压土司的叛乱和反抗，虚报战果，造成“治滇难”的舆论。清廷对他虽然不断恩赏，但已经不再信任。他因眼疾请辞云贵总督后成为“闲王”。朝廷不断派人监视他的行动，又派曾经在江南大肆屠杀汉族知识分子的忠实走狗朱国治为云南巡抚，实施对他的监控。
康熙十二年（1673）与儿子闹矛盾的广东藩王尚可喜上疏朝廷，恳请归老辽东。康熙早对“三藩”心存疑忌，便抓住机遇，扩大宣传，加以施压。康熙与兵部尚书明珠密议：“……其势已成，撤亦
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