像神宗那样确实是不多见的。万历朝举人沈德符记叙，神宗即位后，就按照内阁首辅张居正的建议，每天于太阳初出时就驾幸文华殿，听儒臣讲读经书。然后少息片刻，复回讲席，再读史书。至午饭完毕时始返回宫内。只有每月逢三、六、九常朝之日，才暂免讲读。除此之外，即使是隆冬盛暑亦从不间断。
故十年之中，“圣学日新，坐致太平之治。昔英宗御极亦在幼冲，初不闻三杨诸公有此朝夕纳诲，遂使王振得盗国柄，几危宗社。则今上早年励精，真可只千古矣”。
明神宗即位时，摆在他面前一个突出的问题就是“柄臣相轧，门户渐开，而帝未能振肃朝纲，矫除积习”。这个问题，以后变得更为激烈。按照隆庆帝的布置，高拱是外廷的顾命大臣中排名最前的；在宫中，朱翊钧自然依靠冯保。但是，冯保与高拱的关系非常恶劣。此前，司礼监掌印太监职位空缺，高拱先后推荐了陈洪、孟冲，就是不愿让冯保做掌印太监。神宗自己在登极诏中也命令他们：朕方在冲年，尚赖文武亲贤，“共图化理”，“与民更始”。
冯保此人知书达礼，又喜爱琴棋书画，很有涵养，所以很受隆庆帝的喜爱。冯保利用皇权更迭之间的权力真空，轻松地通过一道遗诏，就驱走了孟冲，自己做了掌印太监。但是，就高拱来说，对冯保自然是必欲除之而后快，在高拱的授意下，工科都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德都开始弹劾冯保。
由此，一场政治斗争势必不免，斗争中，冲突双方是冯保和高拱，而张居正表面上是帮助高拱的。但实际上，张居正与冯保关系非常密切，早就预谋赶走高拱。
明穆宗末年，高拱为内阁首辅。高拱，“性直而傲”，“持论多偏”，说话随便，常常为此得罪人。他与徐阶有矛盾，在徐阶谢政归里以后，高拱即“扼阶不遗余力”，为此又与张居正关系破裂，成为冤家对头。高拱主阁，坚持反对宦官越权，为此触犯了当时内廷的大红人太监冯保。冯保遂与张居正内外串通起来，欲置高拱于死地。
穆宗去世时，高拱以主幼国危，痛哭时说了一句：“十岁太子如何治天下。”神宗即位后，冯保将这句话加以歪曲，改成“高公讲，十岁小孩哪能决事当皇帝”。神宗听到这话，“专权之疑，深中帝心”。他不问高拱说此话的背景，是否属实，即于隆庆六年六月十六日将他免职，以张居正取代他的位置。此后神宗，始终坚持自操威柄。他说过“若用舍予夺，不由朝廷，朕将何以治天下！”高拱一走，高仪也惊得呕血三
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