弄清事实真相，碇唯狠下心来，利用她创造出来的‘灵魂探测仪’，试着想要解开儿子身上的谜团。
结果一出来，让碇唯大吃一惊。因为她在碇真嗣的身上居然没有检测到人类的灵魂，取而代之的是一颗散发出某种能量场的透明多面体核心。就是这玩意，在不断的散发出神秘信号，诱导碇真嗣做出了怪异的事情。
“没有人类的灵魂？！这怎么可能？只要是由生命之树繁衍出来的生命，都应该有灵魂才对，也脱离不了‘生命的轮回’。地球上的生命都是……对了，那个‘变数’！”听到这，01惊讶的不由得的打断了冬月的回忆，但说着说着，他忽然明白了过来。现在在这个地球上，不是还有来自另一个世界的‘人类’吗。
“是那段神秘的求救信号引来的那个异世界的‘怪物’吗！？怪不得碇源渡一直在基地里循环播放这段信号，难道你们连这个都计算到了？”02接着问道，语气中带着一丝畏惧和好奇。
冬月摇摇头：“我们也只是抱着好奇的心态试试看罢了，所以才这么做的。当然，高飞的到来，完全是个意外，而且他的战斗力也出乎我们意料。不过这并影响我们的计划就是……他的到来，还帮了我们不少忙。最起码，我们对于使徒的态度都是一致的，不是吗？”
冬月继续说了下去。‘灵核’的发现，让碇唯欣喜若狂，因为这个跨时代的发现，让她找到一条全新的挽救人类的道路。原来即便没有灵魂，人类也能继续生存下去！就像他的儿子一样！
看着投影出来的外界图像，冬月的眼神透露出一股留恋：“为了人类、为了真嗣，碇唯和碇源渡牺牲的太多太多了……”
十万米高空中，初号机已经上升到了这个高度，同时GUF门扉也覆盖了整个日本。这时，插在初号机身上的那把卡西乌斯之枪开始产生形态变化。
就好像开始快速生长的植物一样，从枪头处分化出几根像藤蔓一样的树根，沿着生命树图的轨迹开始不断生长。其中有三根最粗的根系分别连接到了六号机、零号机和碇源渡的身上。最终和插在他们身上的长枪融为一体。
三者身上的长枪很快也开始了相似的变化，不过只从枪头分化出一根主根系。
碇源渡身上的卡西乌斯之枪分化的主根系直接向着天空蔓延而上，直直伸入了GUF门扉的中心，最终消失在‘轮回之门’内部。而零号机身上的朗基努斯之枪，分化的主根系直接插入量产机制作的代表莉莉丝神之国的反AT力场中，之后也是同样消失不见
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