贡献出改良版的灵魂数据化技术后，碇唯获得了seele高层的认可，于是他们把人类补完计划告诉了她。
当时的碇唯，并没有表现出任何异常，只有知道世界真相后的震惊罢了。之后，碇唯继续她的研究，而这个时候，六分仪源渡，也就是后来的碇源渡，这个男人进入了她的内心世界。
这个来历颇为神秘的男人似乎知道seele的计划，又不知从何处获得情报，知道了seele的首席研究员碇唯的存在。
后来的事情大家都知道了，虽然有点狗血，不过这就是真实的人性！碇源渡爱上了碇唯，两人很快从恋人发展成夫妻。不久，碇唯十月怀胎，生下了碇真嗣。
碇真嗣的出生是第一个重大的转折，面对新生的儿子，他们坚定了心中的某个信念。碇唯认为，没有身体的人类，就不再是完整的人类了。一旦补完计划成功，人类与莉莉丝融为一体，人类就不再是人类。即便那时大家都获得了永生，但同时也失去了无限的未来。
人类必须要有属于自己的未来！即便那付出怎样的代价，也不能取代他们‘儿子的位置’。于是他们私下开始制定属于他们自己的人类补完计划，并暗中开始为这项计划做准备。
然后是第二次转折，随着碇真嗣一天天长大，某天，他居然如鬼附身般开始用笔在墙壁上写满密密麻麻的0和1的代码。这让看到这一幕的碇唯和碇源渡惊骇不已。
因为只要是稍微了解电脑程序的人都能看出，这并不是小孩的随手涂鸦，而是某种加密过的某种信息，而且加密的算法还相当的高明。知道事情不简单的两人急忙在拍下照片后消除了‘证据’。
后来他们经过一段时间的研究，也只是勉强分析出这可能是某种求救信息。而加密的算法，居然是‘智能化’的围棋棋局。
要想解开这神秘信息，就必须破解这有着无数变化形式的围棋棋局。而让两人为难的是，他们找遍能找到的所有围棋高手，所有人在研究过后都对他们摇了头。
“唉，没想到这世界上还有这样神奇的棋局。对手的境界太高了，我们的所有举动都被他看穿了。如果对方不是先手抢占天元就好了，一旦被它占了这个位置，我们几乎找不到办法解开这个‘死局’。”
到最后，几乎所有棋手都想看看是谁创造出了这样的千古棋局。不过两人并没有向他们透露更多的信息。
经过这件事情，碇唯两人自然知道碇真嗣身上隐藏着某种秘密。于是，为了儿子的安危，也为了
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