在涿鹿郊野，两军摆开阵势大战。蚩尤使用魔法，摆出了毒雾阵，把黄帝的军队围困起来，三日三夜大雾不散，至使兵士辨不清方向。但是，黄帝驾着谋臣风后发明的指南车，指挥军队冲出了毒雾阵。与此同时，九天玄女以西王母的名义前来助战，教导黄帝三宫秘略五音权谋之本（传说为天书，包括兵书战策、帝王心学、风水玄学、音律、房中术等）。风后据之又演化出遁甲之法，即《奇门遁甲》。传说九天玄女是风水玄学的创始人。
蚩尤又派魑魅魍魉（各蛮族）去作战，黄帝则叫兵士们击鼓，吓跑了这些鬼怪（蛮族）们。
传说中的魑魅魍魉都是一些杂牌小妖，据说魑魅魍魉专吃美女，外表大多以高大、红身、尖耳、头长角为主要特征，民间传说在荒野无人的深山，山下四野又多古老的森林。走长途的人，尤其是走夜路的，常常遇上山魈鬼怪、魑魅魍魉，都是木、石、禽、兽变的。
蚩尤请风伯，雨师纵风下雨，蓄水以攻黄帝。黄帝请来天女魃于东荒止雨。
反映战斗过程中，双方先由巫师作法，希望借助自然力征服对方，蚩尤来自长江流域，习惯雨中作战；而有熊氏来自长城以北，习惯干旱环境。当时大雨连绵不绝，对有熊氏作战极其不利，黄帝军队被大水淹没，且夸父早就埋伏在此，突然加入战场，使黄帝军队几乎陷入绝境。
危急中，黄帝只得请下天女旱魃阻止风雨，天气突然晴霁，雨水停止。这代表着当时气候的剧烈变化，太阳黑子活跃期到来，华北地区由以前的多雨时期转入长时间的大旱。
蚩尤军队惊诧万分，黄帝在大将风后、力牧的辅佐下，乘机指挥大军掩杀过去，先后杀死了蚩尤的八十一个兄弟部落首领，并最终活捉了蚩尤。黄帝命令给蚩尤带上枷锁，然后处死他，地点在SX运城解州。传说蚩尤有不死之身，所以黄帝将其分尸葬于四处，使之不得完尸。
黄帝的胜利得来不易，而胜利以后，又遇到很多新的困难，不仅旱神女魃制止了大风雨后神力大减，“不得复上”，应龙参战以后，也“不得复上”，天上“无复作雨者”，使地上连续大旱数年。
近代环境考古告诉我们，黄帝统治时期是自然环境又一次大变化时期，不断升高的气温，开始北方干旱、南方洪涝的现象。涿鹿之战中，那些被巫术呼唤来的暴风雨及其后的干旱，正与气候由平稳到发生波动的情况相合，可见这些神话不是全无根据的，它确实浓缩了对过去的回忆。
战后，黄帝率兵进入蚩尤的
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