东林党人是从在野起家的，罢免东林党人并不能阻止其活动，只要留有星星之火，早晚还会燃起烈焰。在天启的支持下，魏忠贤等人决定将东林党赶尽杀绝，并从肉体上消灭其骨干分子。
锦衣卫和诏狱，直接受命于皇帝，可以不经过司法程序对大臣进行抓捕和审讯，让东林党人在用刑过程中“意外”死亡，是从肉体上消灭东林党的快捷方式。
这次，魏忠贤仍将突破口选择在汪文言身上，因为他身上的污点最多（而且他认识的人最多，了解的事也最多），制造了六君子之狱。
天启五年（1625年）三月，汪文言被捕入诏狱北镇抚司，掌北镇抚司事指挥是魏忠贤的爪牙许显纯，许显纯贯彻落实魏忠贤指示，对汪文言进行刑讯逼供，让他供出东林党人收受杨镐、熊廷弼贿赂的情节。
杨镐和熊廷弼分别于万历四十七年和天启二年在辽东惨败于后金，被捕入狱，传闻二人为了保命，托人打通关节，求助于东林党人。
腐败的事情一般都极隐密，明代也没有录音、录像等取证手段，杨涟等人是否收受贿赂捞人，己很难考证，不过对于狱卒出身的汪文言来说，这活是老本行，轻车熟路，此罪名不似空穴来风。
不过此时杨涟等人是否有罪己经不重要了，魏忠贤欲以此为借口诛杀他们，他们己有死无生。
五月初，汪文言在监禁中被折磨至死，魏忠贤拿着据说是伪造的汪文言供词将杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人逮捕下狱，同时将赵星南、邓渼、毛士龙、王之寀等十五人削籍并追赃。
六月二十八日，六人先后到位，阉党开始对他们施以各种酷刑。
左光斗分析了阉党的意图，认为阉党可能会在刑讯逼供中打死他们，或是暗害于狱中，然后对外宣称是病死，掩人耳目。
他们认为，好汉不吃眼前亏，不如及早承认罪行，这样可以移送司法部门，走正常程序审理，那样就可以保住一条命，将来还有东山再起的机会。
于是，杨涟等六人很快招供。
然而狡猾的魏忠贤并没有中计，逮捕他们时，就没打算让他们活着出来，拿到供词后，魏忠贤以追赃完以后再送刑部审判为由，命人继续对他们用刑。
史料记载：杨涟受刑最多，五日一审。许显纯令将他头面乱打，齿颊尽脱；钢针作刷，遍体扫烂如丝；以铜锤击胸，肋骨寸断；最后用土囊压身、铁钉贯耳而死。尸体被领出时，竟已全部溃烂，惨不忍睹，等到收
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