殓时，仅得破碎血衣数片，残骨数根。
左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞也都相继在七、八月份被虐杀，只留顾大章一个活口，以便移交刑部定罪，向社会交待。
刑部按照魏忠贤的意思，将六人判处死刑，并将六人罪行诏告天下，顾大章在刑部走完程序后，魏忠贤急于灭口，要求将顾大章移交回诏狱，顾大章哪里还肯回去受罪，于九月中旬自杀身亡。
杨涟等人死后，魏忠贤令人用利刀将他们的喉骨剔削出来，各自密封在一个小盒内，直接送给魏忠贤亲验示信。面对喉骨，魏忠贤得意洋洋道：诸公别来无恙，还能上书否？
天启六年1626年）二月，魏忠贤又制造了七君子之狱，将东林党人高攀龙、周宗建、缪昌期、李应昇、周顺昌、黄尊素和周起元害死。
事件起因和黄尊素有关。黄尊素在汪文言上次入狱时曾经营救过他，也曾跟风杨涟弹劾过魏忠贤，后被削籍回家。
黄尊素回到家中以后，与非忠贤党的苏杭织造太监李实交往甚密，于是有传言说黄尊素要仿造杨一清用张永诛刘瑾的故事，用李实杀魏忠贤，魏忠贤得知后命心腹太监李永贞以李实的名义起草了一个奏疏，弹劾黄尊素等六人。
罪名与周起元有关。周起元曾任苏松十府巡抚，李实告他任巡抚期间，贪污十万公款，用于东林党人的活动中。
奏疏一上，立刻得到天启批示，着锦衣卫“扭解来京究问”。
三月，高攀龙闻迅后投水自杀。
逮捕周顺昌和黄尊素的缇骑在苏州遭遇了民众的民变（后有五人因此被处死，魏忠贤倒台后被合葬于虎丘旁，时人留有名篇《五人墓碑记》），事后周顺昌和黄尊素自投诏狱。常州也发生了保护李应昇的民变。
从四月到九月，六人先后都惨死于狱中。
据统计，自天启四年十月至天启七年八月，东林党人被杀于狱中的有十多人，被发配充军的有几十人，被削夺的有三百余人，其它革职降级的不可胜数，东林党人遭到毁灭性打击。
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