待孙伯纶回到了归化城，筹谋已久的大清洗随着巴达西的乱咬便立即展开，从下水海附近驻扎的宫帐军主力到刚刚迁徙到青海大草滩的土谢图人和土默特人，无数的脑袋滚滚而落，那些林丹汗的旧部，冥顽不化的头人和那些无法接受孙伯纶的台吉，统统成为了刀下亡魂，最好的结果便是诛杀所有男丁，妻女为奴，而绝大部分遭到了族诛，这些名单上有着各种各样的名字，但他们大部分的人姓氏则是和成吉思汗是一样的。
而大清洗惹来了各部首领的反扑，但在炽热的铅子和冰冷的长矛下，这些藏于黑暗之下的人也被收割掉了生命，成为了这次大清洗的意外之喜。
大清洗之后便是大变革，孙伯纶在完全掌握了军权之后，便以大汗阿布鼐的名义对漠南的政治局面和社会制度进行改革，以往的以鄂托克和艾马克为主的部落制名存实亡，取而代之的便是后世清朝对游牧民族统治的有效实践——盟旗制度。
中国的历史上，北方游牧民族与中原王朝的斗争一直是主流，而历朝历代能够实现对北方长时间有效统治的只有汉朝和清朝，而彻底解决北方游牧民族威胁的便只有清朝。
从地域上来讲，想要统治北方，便要占据游牧民族最核心的三个区域：科尔沁、呼伦贝尔草原，河套以及西域。
而大部分的游牧民族都因为科尔沁、呼伦贝尔兴起，在夺取了河套之后便拥有入主中原的资本，而当不是中原王朝或其他民族对手的时候，便可以前往西域，那个以绿洲为地域生态的地方，有许许多多的小势力，他们的军队强不过万人，少则几千人，西逃之后，便可以击败他们养伤，好卷土重来。
所以在中国历史上，能占据这三个区域的王朝都是是强大的，但是从根本上解决游牧民族威胁的只有清朝，而能做到这一点，减丁政策、兴黄教和盟旗制度便是其中最重要的。
而已经占据漠南，获得统治地位的孙伯纶，便借鉴盟旗制度，深入进行了改革。
在消灭了内部不稳定因素和大部分旧有的贵族、既得利益者之后，孙伯纶把所有的部落打散，分成一个个的扎萨克，每个扎萨克多不过三千帐，少的只有一千帐，扎萨克的首领由原本部落的台吉、孙伯纶麾下的将军和效忠的头人担任，但扎萨克里的牧民并不是他们的私人奴隶，牧民只对扎萨克的头领有交税和从征的义务。
扎萨克首领同样不能对内部事务一言而决，内部事务由一个三方机构共同决断，分别是扎萨克首领、喇嘛和断事官。
在分
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