反抗势力和击退根来寺快秀势。
起初，畠山军和三好军都只是在久米田寺附近对持，并没有立即交战。
久米田寺是圣武天皇发愿而由行基菩萨担当首任住持的寺院，督造修建此寺的是橘诸兄，因此诸兄公的墓所也在此山上。三好军在此山列阵，挖塌了橘诸兄的墓穴，取出一只仿唐风格的石柜。墓所遗迹被用来作为布置杀伐的不净之所，细心的人看到在石柜上刻有“诸兄公乃清友尊贵之父上也，清友之女即檀林皇后。檀林皇后者，忝位嵯峨天皇之妻也。公长眠于此，有经行者，请勿惊扰”云云。阵中义贤有所感怀，遂作和歌一首曰：“草枯霜殒今朝日，因果不昧瞬即来”。表达了临战前的不安心情。（原文：草枯す霜また今朝の日に消て因果は顿てめくり来にけり）
当时尚在岸和田城的安宅摄津守衔冬康（集外三十六歌仙之一人）见歌即知义贤心意，便反其意作和歌云：“因果相循如轮外，远迹飘渺武藏原”，以此安慰兄长。（原文：因果とははるか车の轮の外にめくりも远き武蔵の原）虽然得到冬康这样委婉的劝慰，但在部下中却有“这家伙暗杀了主君持隆公，又强娶了持隆公的未亡人做妻子，一定难逃业报”的议论。
根来寺快秀在大和豪族秋山直国的引路下还是翻山越岭进入了山城国。并且与典厩细川家的重臣细川元贤、三宅国村、三宅国盛三人合流后先后夺取了胜龙寺城、淀城、山崎、槙岛城等地。中尾城的伊势贞孝、伊势贞良父子也重新纠集了三千军势后叛军军势就达到了一万四千之众。并且，根来众所装备的铁炮数量也有两千挺。
九月九日清晨，休整完毕的叛军兵分两路向幕府控制的京都进发。
而京都西南方的鸟羽和东南方的伏见恰好扼守住了叛军的进军道路。谦信派遣坚田众的居初又次郎、林员清、马场孙次郎三人率1500军势防守鸟羽；藤田行政、藤田秀行（藤田行政之子）、比田则家、濑田左京四人率2000军势防守伏见。
谦信还将鸟羽伏见两地的东北方向地势较高的御香宫、桃山、龙云寺三地抢占。她将明智光秀配下的一百名铁炮足轻部署在桃山，而龙云寺和御香宫内则是将骑马武士和剩余兵力悉数安置在内。
根来寺快秀势六千军势在行进至鸟羽砦前便停下，而伊势贞孝、伊势贞良、三宅国村、细川元贤、秋山直国、加藤将监（伊贺加藤城主）、中野助左卫门等八千军势则是迅速从淀城出发，通过丰后桥后沿着宇治川岸边到达了伏见砦前。伊势贞孝还在伏见砦西南
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