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在当时忍者普遍被称为“忍”，但各个时代各个地区对忍者也有其特有的称谓：如飞鸟时代称为“志能便”，奈良时代称为“斥候”，战国时代叫法很多，其中流传最广是“乱波”，由武田信玄命名，而江户时代使用的就是和今天一样的“忍者”。
江户时代是“忍者”这一名称正式确立的时期，同时这一时期日本在德川家族统治下逐渐走向和平，这导致忍者失去了活动的舞台，作用越来越小，最终淡出人们的视野。许多忍术也因而失传——关于忍者活动的最后记载是1637年的“岛原之乱”，“忍者”作为幕府的部下参与了这场战斗。
“忍者”主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动。“忍者”在世时必须隐姓埋名、与黑暗为伍，不能留下只言片语，以免日后东窗事发，因此关于忍者的历史记录寥寥无几。目前只发现《忍术秘本》中记录了圣德太子身边的一位忍者，而忍者的起源伴随着这个群体的消失也最终成为一个历史难题。
忍者世界中，有四项基本戒律：不准滥用忍术（只能用在公事上）、舍弃一切自尊（逃命要紧）、必须守口如瓶（即便为此失去性命）、绝对不能泄露身份（这是最基本忍术）。
忍者又分为“上忍”、“中忍”、“下忍”。“上忍”又称“智囊忍”，专门策略作战整体计划。“中忍”，是实际作战时的指挥头子，当然忍术也得超群出众才行。“下忍”，又称“体忍”，相当于现代的特殊部队，在最前线实际作战的忍者。彼此之间等级关系泾渭分明，“下忍”对“中忍”唯命是从，“中忍”对“上忍”俯首帖耳。
忍者有很多流派和产生地，最有名的两大圣地是伊贺和甲贺。
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