元培在目睹政治斗争的残酷的同时，也看清楚了清王朝的掌权者丑恶嘴脸。
君君臣臣，父父子子，所谓纲常有道。以往，蔡元培虽对朝政多有不满，但往往认为是臣工昏庸和不作为。眼见最高的统治者只顾自己的既得权位，置国家和民族的利益予不顾，而冥顽到了极点。这让蔡元培对这个君、这个王朝彻底失望了。
戊戌变法和新政如同一场春梦，在腥风血雨中烟消云散。往昔热心维新的友朋已作鸟兽散，就连做事稳健的好友张元济也被革职出京。
蔡元培再也没有心思在北京当官了，断然于1898年秋天离开北京南归。蔡元培这种举动，很容易让人怀疑他是康梁同党，但他丝毫不作辩解。
此行，其实是在和他一直以来走的仕途之路的告别之旅。
经过十天的行程，1898年10月26日，蔡元培和家人从京城回到了阔别多年的绍兴老家。
深秋时节，比起秋风瑟瑟，一派萧杀景象的京城来，家乡显得格外温馨、平静、怡然。
蔡元培家住的笔飞仿是有故事的。传说书法大家王羲之曾住于此处，有一老姬，不厌其烦常来此求王羲之题扇面，后要到处炫耀。有一次，王羲之实在是不耐烦了，竟将笔随手抛出。笔却一飞冲天，笔飞仿便是来源于此。这故事听起来很像是神话，但附近有戒珠寺，山门内有王羲之的塑像，据说这寺先前曾是王羲之的宅院。
蔡元培站在笔飞仿自家庭院中，四周的一切似乎依旧是老样子，唯独那块悬挂在门庭上方的“翰林第”匾额，好像在提示主人在这里曾经经历过的荣耀与辉煌。
然而，耀祖光宗的记忆在闯荡大千世界和领略新学新知后，早已失去了原有的华彩。四年京官生活的风风雨雨，差不多也荡尽了仕途腾达的残梦，所余下的只有那纯属于自己的书生本色。
路在何方？自己今后的人生之路当如何去走？
回顾了他所接触的新知对他产生的强烈冲击，他感到，只有千千万万的中国知识分子具备他这样对世界的认知，具备全新的思维，在灵魂深处来一场革命，从意识上改造中国人，才可能从根本上改变中国的国是。
此时此刻，荣耀脑际多时的投身新教育的念头，变得清晰而强烈。这是自身特长和兴趣之所在，这也是目睹维新党人惨烈失败后，他所认定的一条报国之路。
还真机缘巧合，机会很快来了。
绍兴作为文化重镇，在这个时期理所当然的也受到甲午战争后维新思
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