中国上层政治变革“百日维新”宣告失败，前后仅仅历时103天。
“戊戌六君子”的死极大地触动了蔡元培。他对维新人士的精神当然是感佩有加的，这些同龄人的那一腔热血和牺牲的精神，以及他们所胸怀的抱负唤起了他的强烈共鸣。
对于一身侠气的谭嗣同，蔡元培更是格外佩服，他几年后的一封信中还念念不忘地写下了这样的话：“盖元培所慕者，独谭嗣同耳。苦康、梁之首事而逃，经元善之电奏而逃，则固所唾弃不屑者也，况其无康、经之难而屑屑求免也乎。且夫避祸者，所以求生也。充求生之量，必极之富贵利达。”
无论从哪方面来说，蔡元培都应当是坚定的维新派。让人不解的是，他本人几乎没有参与维新变法的什么活动，因此也就没有受到牵连。
有人经过一番研究，得出原因为以下两个：
其一，在“戊戌变法”前后，维新派的人士在先进的知识界以及朝廷中，可谓风光一时。由于梁启超与谭嗣同等人当时在社会上知名度已经很高了，假使真的变法成功，从权位上来说，将是未来朝堂上炙手可热、翻云覆雨的人物。质朴而耿介的蔡元培不愿被世人说自己“攀龙附凤”，读书人的孤傲和自尊，使他“耻相依附，不往纳交”而敬而远之。特别是看到有些新派人士，一旦身据高位，便目空一切，不可一世，让他觉得这些人“不足以当大事”。
他在《自写年谱》这样写道：“康有为氏与谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭诸氏被任用，励行新政，我虽表同情，然生性不喜赶热闹，未尝一访康氏。我与梁氏虽为乡试同年，但亦未与见面。”
其二，蔡元培总是隐隐感到，这种用上层政治斗争改变国家命运的策略并不是拯治国家的一付回春妙药，在他看来，中国的问题是深入骨髓的。“不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”，这是蔡元培肚子里的想法。
他认为这些维新变法的志士们并没有建立起什么群众基础，而只想凭一己之力、少数精英的奋斗，用最省事儿的办法、最小的代价，动点儿小小的外科手术，就想给中国来个改天换地，这是很不现实。
有记载，新政期间，诏开“经济特科”，选拔“洞达中外时务”之特殊人才。蔡元培因供职宗人府的同乡葛宝华的荐举，而被传去应试。这应该是蔡和维新派唯一的关联。
但无论如何，维新派是在救国救民，出发点和落脚点都是好的。当“戊戌六君子”血洒菜市口的噩耗传来，蔡
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