17世纪初，曾经有一个叫马可斯的神甫被幕府驱逐出境时留下预言：将来必定会出现一位具有神圣禀赋、通晓教义的16岁的童男，在流云飞逝、山野轰鸣、旌旗漫卷和动荡中，代表上帝来拯救万民。这一预言在天主教信徒中留下了深刻印象，并产生了心理共鸣。
益田时贞的父亲益田好次是小西行长的家臣。后来益田时贞被过继给天草甚兵卫，改名为天草时贞。天草时贞自小聪颖过人，有神童之称，且外表俊秀曾有一位相士曾对天草说：“阁下面相尊贵，本应掌握天下，只可惜生在德川时代，难成大事。”
对此天草时贞的养父天草甚兵卫大是惶恐，给了那相士很多银子求他三缄其口，千万不要说出去，但是哪里有不透风的墙，这已经在天草被很多人私下里传扬了。刚刚十岁的天草时贞就显露出跟同龄的孩子有很多不同了，当其他孩子还是在外面拿着竹刀玩打仗的游戏时他已经对天主教产生了浓厚的兴趣，并且秘密的加入了教会组织。
丰臣秀吉禁教以后，贸易活动其实并未停止，所以，锐意向日本传播信仰的天主教势力仍继续向日本西南地区渗透。这也是天草时贞能够加入教会的原因，天草平原有很多人秘密的参加了教会。在德川家康重新统一天下后，由于深谙传教与贸易关系，德川幕府最初对西方宗教采取了较为宽容的态度，以便维护与葡萄牙、西班牙的经济贸易关系。于是，传教士在西南部再度活跃起来，几年间就将天主教信徒发展至近万人，并按照教会组织形成联络体系，反体制色彩逐渐增强。
德川家康意识到天主教关于上帝是惟一绝对神的排他性质，以及上帝面前人人平等的思想势必冲击东方封建**统治的正统意识形态，如若听其矛盾进一步激化，发生直接冲突仅仅是时间问题而已，于是，转而实行取缔西方宗教的政策。在政权内部德川幕府开始清除天主教势力，明令天领（幕府在各地的领地）内实行禁教，凡旗本、家臣及居住江户的大名妻室当中有天主教嫌疑者，一律强迫改变信仰。拒不放弃洋教者，削去官位，逐出城外。命令一颁发在各地引起了很大的反响，江户、京都、大阪、长崎都发生了冲击教堂的事件。
庆长十八年（1621），家康的亲信本多正纯与力冈大八为收复失去的领地，加入了天主教，与天主教大名有马晴信勾结，并收取贿赂，事情败露后，并牵连到许多秘密教徒。这一事件给德川家康以极大刺激，痛感天主教势力已然渗透到幕府政权核心，遂于同年12月23日，德川幕府向全国发布
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