朱浩事务繁忙，不可能长时间待在医疗队，北边的防疫工作已经步入正轨，他也告别了吴有性，马不停蹄的赶回徐州主持大局。
他离开的这段时间，南方和中原又发生了不少战事。
南方并没有遭到大规模的瘟疫，偏居西南的张献忠等农民军又借机生事，利用北方被瘟疫拖住的机会大肆发展实力，攻城略地，加上东北的局势仍然紧张，朝廷自顾不暇，哪还有能力再管他？因此张献忠和罗汝才二人合力，躲在李自成背后如鱼得水，攻占了不少州县，实力大涨，隐隐已盖过李自成。
因为东进的路被朱浩所阻，张献忠得以全力往西发展。此间发生了一场大战，崇祯十四年秋八月，张献忠将兵八万，渡过长江，经过十余天的苦战，攻破巴州，也就是后世的重庆，四川全省震动！巴州是成都东面的最大门户。巴州一失，成都危矣。按照历史，张献忠应该是在明亡前夕占领的重庆，如今朱浩阻挡献忠东进，其只好全力向西，重庆陷落比历史早了足足一年半！若成都一失，四川便不复为朝廷所有，以川地的特殊性，张献忠很可能建国称帝！
不过此时张献忠受时代局限，并没有全力西进，因他仍然心有不甘，妄图染指襄阳，像李自成那样据城而称王，然后东下攻破武昌，控制湖北全境，以此为据点，东进江南。因此面对西南重镇成都，一开始他还真没有表现出特别的兴趣，只是派遣了一员将领带着万余人试探性的攻打了一下，结果无功而返。他也不放在心上，将战略重点放在襄阳城上。
彼时，罗汝才控制郧阳全境、襄阳以西两府十六县。而张献忠的力量更加膨胀，武昌以西，巴州以东，北接罗氏，南达洞庭，皆入献忠之手。整个湖北除了襄阳、武昌二城和僻处大别山区的随麻数县，几乎全部落入农民军控制之中。中原被阻断，中南、西南诸省跟北京基本上断绝了联系，照此发展下去，南方或陷落或分立乃迟早之事。而朝廷只能依靠北方、山东、和江南一带跟农民军和满清对抗，总体实力已是一落千丈！朝廷的军令达不到南方，因此也就不能南北夹攻农民军，战略优势始终不在朝廷这边。
历史上也确实如此，南边除了一个拥兵自重不肯出力的左良玉，再无堪用之兵！
武昌和襄阳成了孤城，崇祯病急乱投医，重新启用杨嗣昌召集大军督师湖北以解襄阳之围。杨嗣昌无奈之下，带着匆匆拼凑的三万明军直奔襄阳，没想到经过河南时，被李岩打了个埋伏，损失过半，杨嗣昌混战中重伤不治。其余残军灰溜溜的逃回直隶。崇祯
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