夏军的警告很快就起到了作用，大部分居民不愿意成为夏军的刀下亡魂，连忙放下武器，从各自的藏匿点跑出来，向街道上的夏军投降。
只有少数人还坚持抵抗，他们认为夏军这是在诱骗他们主动自投罗网，再将手无寸铁的他们杀死，因此他们拒绝了投降的勒令，继续与夏军作斗争，对于这部分顽固份子，夏军毫不留情地展开了严酷的镇压行动。
他们逐个房屋逐个房屋的进行排查，甚至收买主动投降的居民作为带路党，将目光中所有拿着武器的本地人全部格杀。
一时间，城内到处枪声大作，其中还掺杂着不时响起的手榴弹的爆炸声和人临死前的惨叫哀嚎，夏军只用了不到一天的时间，就将城内的反抗势力肃清殆尽。
而在城市中心，威严庄重的总督官邸和殖民地议会建筑也被夏军占领，几名线列步兵在战友们的欢呼声中登上楼顶，将那飘扬的荷兰国旗与东印度公司旗摘下扔到楼下，合力将夏军龙旗高高立起，插在荷兰国旗原本的位置上。
荷兰国旗与东印度公司旗帜缓缓落下，最终落在了通向官邸大门的阶梯之上，士兵们没有理会这面象征着战败国的旗帜，他们随意将旗帜踩在脚下，任凭污秽沾染在旗面上。
海山马车夫在南洋的荣耀就此终结，虽然荷兰人还占据着马六甲与斯里兰卡，但他们已经无力回天。
夏军全面入驻巴达维亚城后，才开始对城北的巴达维亚城堡展开围攻，夏军直接将火炮运入城内，架设在街道上对准城墙展开炮轰，同时在城外的火炮也一同开炮，夏军高层并没有能够马上将城堡拿下的信心，只不过是试探性的攻城，想要看看守军的防守力度。
而事实证明，大名鼎鼎的棱堡的确易守难攻，尽管守军人数稀少，又士气低落，仍然能够在夏军的攻城下守住城堡，而夏军的几次试探性攻城都没能讨到好处——他们在用云梯试图攀爬城墙时，都会遭到来自多个方向的守军的射击，即便是试图砸开城门的攻城槌也同样如此。
在付出了数十条人命后，安楚杰和刘洋两位旅帅直接下达了撤退的命令，他们看着那样式奇特的西式城堡，光是看着就知道城堡不好攻打，两人合计了一番，便决定采取长期围困的方法，等待城内的守军弹尽粮绝主动投降，或是等待城堡内出现什么事情能够给他们可乘之机。
做出了这个决定后，夏军将居住在城堡周围的居民全部迁走，对城堡施行全面封锁，而在同时，夏军也开始恢复巴达维亚城的秩序，在城内设立统治。
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