恰值太平洋战争爆发，香港沦陷，以致未能印行。
抗战胜利后，通过胡适的帮助，才由上海商务印书馆将《辛谱》和《诗文钞存》刊行出来，这为后话。
前边说过，北大南迁昆明后，改由傅斯年兼任文科研究所所长。
1939年8月，邓广铭奉傅斯年之召，辗转上海、香港、河内前往昆明。此时陈寅恪已被聘为北大文研所专任导师，在这以后的一年多时间里，邓广铭与陈同住一楼，朝夕相从，“实际上等于做他的助教”。
在昆明的北大文研所期间，傅斯年总是千方百计地，把邓广铭研治宋史的专业思想巩固下来。当时正值《宋会要辑稿》刊行，因价格不菲，邓广铭原本不想买的，傅斯年却非逼着他买下一部，并先由北大文研所垫付书款。
邓广铭晚年回味这段往事，不无感慨地说，他最后选择宋史研究作为终身的学术事业，可以说是傅斯年给逼出来的。
1940年秋，史语所迁往四川南溪县李庄时，傅斯年要求邓广铭也一同前往，以便利用史语所丰富的图书资料。
到李庄以后，邓广铭的编制仍属北大文研所。从40年底至42年春，他受中英庚款董事会的资助，从事对《宋史》的考订工作。后来发表的《宋史职官志考正》、《宋史刑法志考正》以及王钦若、刘恕诸传的考证文字，都是在此期间完成的。
1941年7月8日，邓广铭在写给傅斯年的信中有言：“已认整理《宋史》为毕生所应从事之大业”，“单论《宋史》各志一百六十二卷，即绝非三二年内之所可理董毕事者，并本纪、列传、世家等计之，势须视为毕生之业矣”“现札记之已经写出者，为《职官志考校》约十万字，《食货志考校》方成四万馀字，全部写完后亦可得十万字左右，预期八月末或可成。其列传部分亦曾写就四五万字。”
可见这时候的邓广铭，对《宋史》全书，已经有了通盘考订的庞大计划。
1942年春，邓广铭为把仍滞留于北平的妻女接到重庆，在征得傅斯年的同意后，到重庆找了一份工作。在中国文化服务社，主编名为《读书通讯》的刊物。
次年7月，经傅斯年鼎力举荐，他被内迁重庆北碚的复旦大学，聘为史地系副教授。由于他在复旦讲授的，全校公共必修课“中国通史”，很受学生欢迎，两年后就晋升为教授。
在此期间，《陈龙川传》、《韩世忠年谱》、《岳飞》三部著作也相继由重庆的独立出版社和胜利出版社刊行。
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