斯年、杨振声、袁家普、蔡元培九人组成筹备委员会，仍由何思源为筹委会主任。
后来，考虑到国家正值多事之秋，战争频仍，济南四省通衢，兵家必争。而青岛地处海陲，既有舟车之便，又可免战乱影响；且“青岛之地势及气候，将来必为文化中心点，此大学之关系甚大”，很多人提议将山东大学校址设在青岛。
在何思源主持下，筹备委员会采纳了这个意见，遂报请教育部批准，将国立山东大学迁至青岛重新组建，接收私立青岛大学校舍，校名称国立青岛大学。
抗日战争时，山东省主.席韩复榘因为擅自撤退被枪毙后，何思源担负起鲁北行署主任和游击指挥的重担。何思源在鲁北举办抗日骨干培训班，收编绿林好汉，建立自己的武装。由于何思源积极抗日顺乎民意，队伍迅速发展，很快组成五个旅，十个团，二十多个县大队，建立了强有力的敌后抗日武装。
何思源率领抗日武装，以“今天打不着敌人明天打；正面打不着敌人侧面打；白天打不着敌人夜里打”的灵活战法转战鲁北平原，令日寇疲于应付，粉碎了敌人的扫荡和政治经济封锁，保护了人民群众的生命财产。
在鲁北，人们对何思源充满爱戴和尊敬。“老厅长”三个字成为人们对何思源的专称，妇孺皆知。爱屋及乌，凡是何思源手下省教育厅的人，即使是在土匪、伪军占领的地区也可以通行无阻。日本人则恨透了何思源，曾动员山东、河北兵力几千人，几百辆汽车，分几路大举扫荡鲁北。所有日军都带着何思源的照片，恨不能很快抓住何思源，将他处死。但是处处有中国人，处处是中国心。日本人有时与何思源当面走过，也没能认出他，抓住他。几年里，何思源带领游击队东奔西跑，转战鲁北平原，经历了日寇的讨伐、扫荡、经济封锁和政治瓦解，在山东人民的保护下他总能化险为夷，转危为安。
在抗日战争期间，有个影响很大的人质事件，就发生在何思源身上。
何思源的夫人何宜文是法国人，育有四个子女。抗战期间为支持何思源抗日，深明大义的何夫人独自带孩子住在天津的意大利租界。
一九四二年，丧心病狂的日本侵略者，抓不住何思源，竟通过意大利租界劫持何夫人和孩子做人质。这时，最小的女儿何鲁美才六岁，最大的儿子何理路也才只有十二岁。他们威胁何思源：如肯投降，南京的部长、山东的省长任他选，否则就处死他的全家。更为毒辣的是他们扬言要派军队包围何思源的驻地，把他的妻儿绑赴进攻的日军之前。
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