《内景经》还对《存思法》进行详细阐述。早期道教《太平经》中就有存思五脏神万病都可消除的说法，《内景经》继承这一思想并加以进一步发挥。认为“存思百念视节度”，即要求存思身中百神，呼吸上下如一而除杂念。并认为“可用存思登虚空”，这是把存思之法当作学仙之道。可以说，存思是道教上清派典型的修炼方法，也是《内景经》的核心内容。所谓存思之法，《内景经》中包含两个方面内容，一是指存思身内诸神，另外指存思身外之物。
道教认为人体多神，而以五脏神为主，故重视存思五脏神的色、形、气、服饰、姓名等。《内景经》对于存思心、肝、脾、肺、肾等五脏神，都分别加以论述，其中对存思心神的论述最多。如经中述道：“心典一体五藏（脏）王，动静念之道德行，清洁善气自明光，坐起吾俱共栋梁，昼日曜景暮闭藏，通利华精调Ｙ阳。”这是认为心有神灵，且是五脏之王，倘若经常存思心神，那么Ｙ阳和顺，脏腑调匀，均无疾病。存思肝神：“肝气郁勃清且长，罗列六府生三光，……五色云气纷青葱，闭目内眄自相望。”
肝属东方木位，主青，故肝气旺盛清而且长时，如东方之木主春，肝为生气之本，闭目冥想生气遍照体内五脏之腑，与脏腑相应，上为五色云，如日月星辰光亮明彻，久久即可自己内视脏腑。“内视”是存思法中一种重要思想，就是指修炼者闭目存思，潜神入定后，内观形体，神气充溢而使体内朗然Ｄ彻的景象。关于存思脾神：“脾长一尺掩太仓，中部老君治明堂，……黄衣紫带龙虎章，长精益命赖君王，三呼我名神自通。”脾居中宫，存思脾神，即可增长精气，延长寿命，心虚Ｄ鉴，神灵自通。关于存思肺神：“肺部之宫似华盖，下有童子坐玉阙。……素锦衣裳黄云带，喘息呼吸体不快，急存白云和六气，神仙久视无灾害，同之不己形不滞。”肺为金宫，在五脏之上，状似华盖。
童子、白云都是指肺神。当喘息不定呼吸不畅、身体不快时，就赶紧存思肺神，便能调和六气而无灾害，常用此道，可保形体不枯衰。关于存思肾神：“肾部之宫玄阙园，中有童子冥上玄，……苍锦云衣舞龙幡，……百病千灾急当存，两部水王对门生，使人长生■九天。”肾为水宫。玄阙园，喻指肾之外形。童子、水王都是指肾神。当人正生病时，就应立即存思肾神，这样便能逢凶化吉，免除疾病而能升天成仙。
“三丹田”《内景经》提出“三丹田”之说。关于三丹田之名，在此经之前的早期道教籍中尚未出现。《太平经》、
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