领清军入驻瑷珲，并先后修筑了新旧瑷珲城，这两座城都称之为“黑龙江城”。
由于沙俄军队在去年便掌握了清军在整个黑龙江将军府的卡伦兵力部署，他们便根据这些情报制订了相应的军事计划。
5月30日，根据苏沃洛夫的命令，从尼布楚率军赶来的俄军少将亚历山德罗夫，将作为本次进攻瑷珲作战行动的司令，而沙俄东路部队总参谋部的费舍尔上校作为本次进攻行动的参谋长；布里亚特人艾辛因功提升为中尉，他因为熟悉这一带的情况，被调到参谋部协助工作。
面对防守严密的黑龙江城，沙俄军队极为重视，他们在抵达洞城后的第二天，便在船队最大的那条战船上召开了军事会议。出席会议的包括少将亚历山德罗夫、参谋长费舍尔上校、炮兵司令、外贝加尔第一至第三火枪团各团长、布里亚特一、二团团长以及代理少量骑兵部队的警卫队长。
会议上，参谋长费舍尔上校代亚历山德罗夫少将宣读了针对黑龙江城作战的部队配置和攻击命令。这次沙俄的作战部队包括了15个连、48门炮、一个骑兵连，另外由哥萨克中校佩琴金负责指挥207名桨手、80艘小船、5只平底小驳船。
不大的会议室内，身穿绿色红红翻领军装的的沙俄军官站满了的密密麻麻，费舍尔在助手艾辛举着的烛台照耀下，宣读了作战命令。
“命令：颁发给集结在黑龙江城外的部队，东部方面军参谋部，1788年5月30日。
一、我军部队应在6月1日夜渡河到阿穆尔河右岸，将敌人从瑷珲旧城的阵地上击退，并占领瑷珲旧城。
二、上校什韦林率领二团继博加耶夫斯基上校的纵队之后，在瑷珲旧城附近登陆东岸，然后朝着同方向继续前进。渡过河以后，将一个连留在瑷珲旧城东面的高地上，以便观察和掩护作战部队的后方。
三、中校波利亚科夫继第一火枪团的纵队之后渡河，扫荡稍达子沟的敌人，之后跟随作战部队的右翼前进。
四、佩琴金应正确分配桨手并派遣河船去左岸，在运从部队登陆后返回船队。
五、骑兵连在半夜一点在上瑷珲旧城城北部渡河，侦察敌人的部署，侦察完毕后，集中在作战部队的右翼。
六、少将亚历山德罗夫将带领后备部队在瑷珲旧城附近登陆时，炮兵司令指挥各船炮兵，击毁设置在瑷珲旧城和黑龙江城岸上的的敌炮，并用炮火轰击黑龙江城和瑷珲旧城的火药库，一有机会便靠近左岸，伺机登陆，用炮火截断敌军向齐
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