当年四月皇太极称帝，论功行封，多尔衮被封为和硕睿亲王，已列六王之第三位，其时年仅二十四岁。从此更加受到重用。十二月，清军攻陷朝鲜李朝南汉山城 。崇德二年（1637年）正月，皇太极令多尔衮追击朝鲜国王家属，并限“戢其军兵，无得杀戮”。四月初五，多尔衮押送国王家属等一百八十二口报捷。
崇德三年八月二十三日，皇太极命睿亲王多尔衮为“奉命大将军”南征明朝，这次南征兵分两路，贝勒豪格在多尔衮亲率的左翼军中。左翼军从墙子岭、董家口入关，掠山西，破济南，杀明朝总兵卢象升；然后北掠天津、迁安，出青山关返还，往返扫荡数千里。
于崇德四年（1639年）三月回到辽东；共攻陷城池36座，招降6座，克敌17阵，俘获人畜26万。崇德六年（1641年）至崇德七年（1642年）松锦之战。双方各投入十多万大军会战，清军起先以多尔衮、济尔哈朗等为首，后皇太极亲自赶来增援。明军经两年激战最终惨败，洪承畴松山城破被俘投降，祖大寿举锦州城投降。松锦之战后，辽东全属大清，大明势力退入山海关。
皇太极在更定官制时，便把六部之首的吏部交给多尔衮统摄。根据他的举荐，皇太极将希福、范文程、鲍承先、刚林等文臣分别升迁，利用他们的才智治国。根据他的建议，皇太极又对政府机构作了重大改革，确定了八衙官制。
此外，文臣武将的袭承升降、甚至管理各部的王公贵胄也要经他之手任命。在统辖六部的过程中，多尔衮锻炼了自己的行政管理能力，为他后来的摄政准备了条件。
崇德八年农历八月初九日，如若先帝驾崩。此时，代善的两红旗势力已经遭到削弱，他本人年过花甲，早已不问朝政。
其诸子中最有才干的岳讬和萨哈廉年轻时已过世，剩下硕讬也不为代善所喜，满达海初露头角，还没有什么发言权。但以代善的资历、两个红旗的实力，其态度所向却能左右事态的发展。皇太极生前集权的种种努力和满族社会日益的封建化，自然也使皇太极长子豪格参加到竞争中来。
从利害关系而论，两黄旗大臣都希望由皇子继位，以继续保持两旗的优越地位。他们认为，豪格军功多，才能较高，天聪六年已晋升为和硕贝勒，皇太极称帝之初晋肃亲王，掌户部事，与几位叔辈平起平坐。
皇太极在世时，为加强中央集权，大大削弱了各旗的势力，但同时又保持着一定实力，又把正蓝旗夺到自己手中，合三旗的实力远远强于其他旗。
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