是中医中药没有量化标准，如对病情的治疗效果、药方的配比、用药量的把握，都是凭感觉凭经验判断，只能在实践中不断试错，这本来没有什么问题，但若没有系统化的传承机制，个个都把自己家的好东西藏起来，称之为“祖传秘方”秘而不宣，如此以往，那些好的实践经验就不可能得到全面传承，更别说全面推广了。
二是受“身体发肤受之父母”的传统思想的束缚，没办法开展解剖学研究，古人对人体器官构造及功能很多都是靠想象的。
三是受诊断方法的限制，诊病的准确率很难提高。传统的“望闻问切”只是一种简单的初级诊断方法，流于表面，很难准确判断病情。
比如把脉就很难准确诊断出病情，因为脉象只是心脏收缩时泵出血液所引起的动脉跳动，跳动的强弱主要跟心脏和血管功能相关，虽说五脏六腑互有关联，但脉搏跳动跟其它许多疾病并没有太多直接联系。
曾经某医院有个医生发出挑战，让中医给10个随机挑选的年轻妇女把脉，看是否能把出喜脉，结果竟无人敢应战。所以有人认为把脉更多的是医生故弄玄虚的一种手段，和魔术师在表演时做的那些前奏动作差不多。
客观地说，中医在诊断准确率方面确实是落后于现代诊断仪器，这就是为什么国家要推广中西医结合的主要原因了，也是齐文礼让齐飞阳选择读医科大学的重要原因。
不过很多东西看起来很神秘，并不能说它是不存在的，比如筋脉和穴位，通过人体解剖是看不到的，但修炼者都知道它是真实存在的，而且是修真者修炼的关键所在。
又如电波和磁场，它也是看不见摸不着的东西，但你能说它不存在吗？
所以虽说中医在诊断方面有一定的不足，但有些经验丰富的医生还是可以通过传统手段达到很高的诊断水平的。
四是缺乏精确化的药理研究。比如，大家都知道某种药材可以治好某种疾病，但该药材为什么能治这种病、药材中含有什么有效成分、含有什么有害物质、会产生什么副作用等等，都只有含糊的说法，直到现代才开始深入研究，有些科研机构正在用先进的化学生物学等技术手段，希望把中药的复方、单方的治疗机理弄明白。
五是现在流传于世的很多药方良莠不齐，对药性的判断也多有失之偏颇的，很多所谓的民间偏方并没有经过实践检验，还有些是以讹传讹的，有些则是凭空想象的。
更有些无耻之徒，对中医一窍不通，却打着神医之名到处招摇撞骗，如
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