NERV本部，上方的要塞都市第三新东京已经消失不见，所以整个地下空间和金字塔作战部现在都暴露在外。还算幸运的是，都市的居民因为避难系统的完善，并没有受到生命伤害，只是受到不小的惊吓罢了。这些问题都需要快速解决，而在两天前，葛城美里接到联合国军委会的任命，暂时接管碇司令的位置，主要任务还是负责歼灭剩下的使徒。
NERV并没有因这次事件被解散，相反，倒是受到了联合国的重视，此刻大量资金和物质正从各国被紧急调集过来。也许他们到现在才真正认识到‘使徒’的强悍之处吧。这些物资虽然不至于让NERV恢复到战前水准，更不用说重建第三新东京，但起码也让NERV拥有应对使徒来袭的基本防御措施，不至于像婴儿一样没有丝毫还手之力。
然而这些并没什么鸟用，关键还是要靠EVA。
NERV目前只剩下一台破损严重的二号机，修复过程基本等于重建。不过已经有大量研究员被派来修理改造二号机了，据说高层计划是要把量产机的技术运用上去。用葛城美里的话来说，就是‘他们的脑袋总算是开窍了嘛’。
驾驶员明日香经过救治已经恢复正常，再经过几个心理疗程的话，应该可以再次驾驶二号机。因为只有她的同步率最高，所以明日香的安全就很重要了。
初号机、零号机以及六号机，一同随着生命之树的崩塌消失了。当然，没人亲眼看到那一幕，所有情报都是从高飞那里获得的。事后人造卫星也过去查过，但没有任何收获。值得庆幸的是，里面的三位驾驶员全都被高飞救了下来，经过检查也并无大碍。
“如果你想改变灵魂的话，我能帮你改造。”高飞在离开碇真嗣身体的时候这样对他说。
碇真嗣摇摇头，眼神坚定，回答铿锵有力：“我父母现在应该就在那扇门的背后吧！要是我这样做了，不是就永远见不到他们了吗？”
高飞心头一颤，心里清楚，如果碇真嗣死了，灵魂回归轮回，他也见不到位于‘神国’之内的碇唯和碇源渡。即使真能相遇，那时的碇真嗣也已经失去了思想，灵魂变成一片空白，不就没有相遇的意义了吗？
但高飞说不出口，他相信，碇真嗣心里肯定也明白这一点。不过有的时候，哪怕能看到最微弱的一丝光明，人们就不会放弃希望，这才是奇迹存在的意义所在，不是吗？
因为受到EVA体内AT力场的庇护，其他几位驾驶员也并没有经过灵魂改造。凌波丽和渚薰情况特殊，高飞没有能力
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