的分析推理，他们得出了一个惊人的结论。
似乎有某种伟大的存在，如果真有的话，那一定是比莉莉丝和亚当还要强大无数倍，已经是完全超出人类的想象范围了。这个存在截取了这个世界未来的某个时间段作为他的‘游乐场’，那些拥有各种特殊能力的人，就是它选出来的玩家。而NERV和使徒，无形中就成为了这场游戏中的NPC势力。
这一点也很容易就能判断出来，那些人的行动和神情，都是带有某种目的性，或是击杀使徒，或是保护城市，救助市民。为了这个目的，他们甚至连自己的性命都可以不要。
本来，作为游戏中的‘NPC’，碇源渡等人自然无法察觉游戏外的玩家的存在。如果没有意外的话，他们会一直身陷在这无尽的轮回中，直到那个伟大的存在厌烦了这个游戏为止。
不过让人感到庆幸的是，这个游戏看样子还不是十分的完善，因为有了灵核的出现。这个灵核的性质接近人类的灵魂，不过表现出的能力却更加高级，似乎是由灵魂凝聚而成。
灵核在影像中就存在于碇真嗣身上，依附在他的灵魂表面，忠实的记录了在碇真嗣身上所发生的全部事情。它就好像是一个病毒一样，并不受‘游戏回档’的影响。就在一次次无止境的‘游戏’中，灵核渐渐完成了和碇真嗣灵魂的融合。
在最后的一次读档中，seele的人类补完计划和碇源渡的人类补完计划同时展开，两者的冲突引爆了莉莉丝和亚当的本体，直接导致人类彻底灭亡，地球也变成了一个被咬的干干净净的‘苹果核’。而作为‘罪魁祸首’的碇真嗣，承受不了这样的心理打击，直接驾驶着已经达成究极形态的初号机冲进了GUF门扉……
由此可以推断，灵核的出现，是由于灵魂的轮回，才使得它来到了过去。而这个灵核，很显然已经融入了碇真嗣的灵魂，两者达成了一种奇妙的互补。
碇真嗣的灵魂让灵核被生命之树认可，得以进入六道轮回。而灵核的存在，也让碇真嗣的灵魂得以突破‘游戏’的桎梏，回到过去获得新生。
面对一个充满绝望的未来，碇唯并没有放弃希望。她和碇源渡开始试图寻找打破灵魂和时间的双重轮回的方法，过程中把她当初的导师——冬月给拉入进来。
而他们最终的计划，就如此刻所见，正要正式开始！
除了他们发现世界的真相外，在这个地球上，也有一些人慢慢觉察到了一些端倪。虽然和碇唯他们相比只是一点皮毛！
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