地区发生大地震，农业大幅度减产，禹乘机发动大规模进攻。他在誓师动员时说：“三苗不敬鬼神，滥用刑罚，违背天意作乱，上天现在号令我们要对它进行讨伐。”
交战开始，战斗十分激烈，互有胜负，历时70天之久。突然，战场雷电交加，三苗领袖不幸被箭射中，苗师大乱，溃不成军。
《墨子·非攻》详细描述了这场战争的经过：“昔者三苗大乱，天命殛之，日妊宵出，雨血三朝，龙生于庙，犬哭乎市，夏冰，地坼及泉，五谷变化，民乃大振。高阳乃命玄宫，禹亲把天之瑞令，以征有苗，四电诱祗，有神人面鸟身，若瑾以待，搤矢有苗之祥，苗师大乱，后乃遂几（微）。禹既已克有三苗，焉磨为山川，别物上下，卿制大极，而神民不违，天下乃静。则此禹之所以征有三苗也。”
《墨子·兼爱》还记录禹出征前的誓言：“济济有众，咸听朕言：非惟小子（按即禹），敢行称乱，蠢兹有苗，用天之罚，若予既率尔群对（邦）诸群（辟），以征有苗。”
从誓言来看，此时的禹不仅接替了舜的地位，而且比舜更有权威，俨然国王。这是阶级社会取代氏族社会的重要信息。经过这次摧毁性的打击，三苗就此衰微，即所谓“后乃遂几”，三苗之地也纳入了夏王朝的直接控制之下，而作为三苗北疆的随枣走廊一带，自然是首当其冲了。
这一变化在江汉地区原始文化发展序列中也有所表现：夏初，夏文化的影响通过南阳盆地，沿着随枣走廊，达到了长江之滨。如在河南淅川下王岗（即“丹水之浦”）、湖北宜昌白庙子、随州西花园和黄陂盘龙城等遗址中，均发现了一些早于商，晚于龙山文化而与二里头文化相同或相似的陶器。如二里头文化中比较典型析器物如橄榄形罐、口沿捏花边的（或称鸡冠形）罐、澄滤器、三足盘、四足方鼎等，在这些遗址中也能见到。这大概是禹占领三苗地区在考古上的反映。
三苗败亡于大禹之手后，三苗被迫解散，分成了两部分，一部分族人向西迁徙，形成****时期姜姓的羌族，成为夏商周时期西戎的文明主体；大部分三苗族人留在了荆楚之地，发展为苗瑶族，成为夏商周时期南蛮的文明主体。所以蚩尤是羌族和苗瑶族的祖先。
在历次战争中，不少苗民沦为奴隶，“子孙为隶，不夷于民”，被强制劳役。这些苗民的后裔，也是形成汉族的先民之一。此后，史籍中不再见三苗的活动。现代的苗瑶就是三苗的后裔。
《后汉书·西羌传》说：“西羌本出自三苗，羌姓之别也
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