直没有生下儿子，阿肯那吞为了王室血统的纯洁，便和别的女人生下了图坦卡蒙。甚至还有人认为，这个女人很可能就是埃赫阿吞已经长成的女儿之一。因此，图坦卡蒙迎娶的，甚至可能是自己同父异母的亲姐妹或自己的亲阿姨。
这件发生在约3000年前的宫廷秘事的真相究竟是怎样的，至今仍是众说纷纭，没能定论。如果可以对这些木乃伊做DNA测试的话，或许这个问题就可以迎刃而解了。
2008年，埃及考古学家扎西·哈瓦斯（ZahiHawass）开始对图坦卡蒙身世进行研究，他希望从相关木乃伊上提取DNA，来弄清这位少年法老的身世及其过早离世的原因。
扎西·哈瓦斯的团队利用DNA检测技术对图坦卡蒙本人以及长期以来一直被疑为其近亲的10具十八王朝王室五代族谱。通过调查Y染色体中的共享序列，辨别出图坦卡蒙的男性祖先群；再通过找寻特定男女（夫妇）的DNA混合迹象，从而确定木乃伊之间的直系亲属关系。DNA检测证明，阿蒙霍特普三世是图坦卡蒙的祖父。
DNA检测还初步显示，随葬图坦卡蒙的两个流产胎儿其实是他和妻子安荷森纳蒙Ankhesenamun王后所生的女儿。1932年经解剖学家确认，其中一名女婴在母亲子宫内5个月便夭折了。一具被叫做“老妇人”的木乃伊经DNA检测证明是提伊王后，即图坦卡蒙的祖母、阿蒙霍特普三世的妻子。另一具被叫做“年轻女士”的木乃伊则是图坦卡蒙的生母。过去曾认为图坦卡蒙的母亲是阿蒙普特四世的王后奈费尔提蒂，后者以一座偶像般的胸像而闻名。但DNA研究证实，图坦卡蒙的生母琪雅也是阿蒙霍特普三世和提伊王后亲生，是埃赫阿吞的亲妹妹，即图坦卡蒙是亲生兄妹所生。
所以图坦卡蒙的父亲是埃赫阿吞，而母亲并不是王后奈费尔提缔，而是埃赫阿吞的妃子、亲妹妹琪雅（Kiya）。但在图坦卡蒙幼年时，琪雅已经去世。由王后奈费尔提蒂抚养。
奈费尔提蒂十分喜爱他，视如己出，并将自己和埃赫阿吞的三女儿安荷森纳蒙Ankhesenamun许配给图坦卡蒙。虽然图坦卡蒙和安荷森纳蒙是异母姊弟，但是两人却是彼此深爱着对方，感情很好，婚姻也很幸福，唯一美中不足的是安荷森纳蒙因难产而不幸地失去了他们的孩子。
图坦卡蒙在埃赫塔吞（现名叫阿马尔奈Telel-Amarna）城中长大。
BC1368年，图坦卡蒙随奈费尔提蒂一起离开埃赫塔吞，
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