流域的主要山脉、河流作了一番严密的考察。大禹在河北东部、河南东部、山东西部、南部，以及淮河北部考察。一次，他们来到了河南洛阳南郊。这里有座高山，属秦岭山脉的余脉，一直延续到中岳嵩山，峰峦奇特，犹如一座东西走向的天然屏障。高山中段有一个天然的缺口，涓涓的细流就由隙缝轻轻流过。他还发现龙门山口过于狭窄，难以通过汛期洪水；还发现黄河淤积，流水不畅。
就这样，禹从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆。
禹总结了其父亲治水失败的教训，改革治水方法以疏导河川治水为主导，大刀阔斧，改“堵”为“疏”，就是疏通河道，拓宽峡口，让洪水能更快地通过。禹采用了“治水须顺水性，水性就下，导之入海”“高处就凿通，低处就疏导”的治水思想。此时气候进入洪水之后的平稳期，海平面的下降已经非常明显。大禹的疏导是建立在海水消退基础上的有效方法。
禹带领伯益和后稷按照疏导的原则规划黄河流域的水道。
他们完善了水道规划之后，开始发动民众，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。
禹每发现一个地方需要治理，就到各个部落去发动群众来施工，每当水利工程开始的时候，他费尽脑筋，不怕劳苦，也不敢休息，和人民在一起劳动，挖山掘石，风餐露宿，住在很矮的茅草小屋子里，吃得比一般百姓还要差。
他让益给民众分发稻种，可以种植在低洼潮湿的土地上。又让后稷赈济吃粮艰难的民众。粮食匮乏时，就让一些地区把余粮调济给缺粮地区，以便使各诸侯国都能有粮食吃。禹一边行进，一边考察各地的物产情况，规定了应该向天子交纳的贡赋，并考察了各地的山川地形，以便弄清诸侯朝贡时交通是否方便。
他治水三过家门而不入：传说禹与涂山氏女娇新婚不久，就离开妻子，踏上治水的道路。后来，他路过家门口，听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，那是他的妻子涂山氏刚给他生了一个儿子，他多么想回去亲眼看一看自己的妻子和孩子，但是他一想到开山导流刻不容缓，便顾不上回家，只得向家中那茅屋行了一个大礼，眼里噙着泪水，骑马飞奔而走了，又走上了治水一线。第三次经过家乡的时候，其子启正被母亲抱在怀里，他已经懂得叫爸爸，挥动小手，和禹打招呼，禹只是向妻儿挥挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。
禹治水期间，女娇病故。
《山海经·海内经》：洪水滔天，鲧窃帝
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