破坏，大量军队土地被官员侵占，士兵沦为流民。
明朝中期对倭寇和蒙古的节节失败已体现了明朝军队软弱的战斗力。张居正当政时，曾用明军与蒙古军“100：1”来形容明朝军队的战斗力。后来虽戚继光主持军事改革，但改革的对象也只是辽东和北京周边的明军，后来戚继光遭到罢免，他的许多军事主张也就被废除了。
隆庆时代，由于鞑靼的归附，长城沿线已无战事，大批士兵解甲归田，留下的士兵也因为长年和平而缺乏战争经验，训练更是松弛。明朝重文轻武，武官的地位不高，更用文官担任总指挥并有太监监军，因此严重的限制了部队的指挥能力和战斗力。明朝政权内部自张居正死后一直派系林立，朋党之争不断，朝廷内部的争斗波及到军方，更使得明军将领里各自为政，指挥不畅，内部矛盾严重。
从装备上看，尽管明军沿袭永乐皇帝定下的“二分习火器，三分习刀矛，五分习弓箭”的比例，火器部队的配备高达1/10。但明朝对火器的控制十分严格，训练时也缺乏操练，大批精良火器封存在仓库中早已生锈。而且由于明朝北方长年面对蒙古军，与蒙古军相比明朝火器优势明显，因此明朝对火器装备不思改进，大批装备早已经落伍。虽然这之间也曾向葡萄牙购买火器，但装备的也只是少量部队。
明军中最精锐的当属戚继光留下的藓门军和李成梁的辽东军。对日作战也基本以这两支军队为主。事实上也只有这两支军队可与日本一战。但两支军队总数不过二三十万，与日军数量基本持平，且两军中多数精锐还要留下拱卫京城，不可能尽数投入朝鲜。在海军方面，明朝的情况更为惨淡，郑和下西洋的辉煌已是昙花一现，当时的造船图纸后尽数被焚毁。明朝对海军的建设一直不太重视，甚至对倭寇的海盗船也无可奈何，只能靠戚继光的陆军歼灭之，后来戚继光提出御敌于海上的防御政策。但随着倭患的平息，对海军的建设也就终止了。
广东福建一带为防卫葡萄牙入侵，对海军建设格外重视，并仿造西方战船组建水师，但其离朝鲜比较远，由于明朝是仓促开战，因此远水难救近火，事实上开战前一阶段日本也一直掌握着制海权，直到明朝举全国之力派水师增援，才改善局面。因此，当时的明朝，虽然在海陆军数量上要多于日本，但能战之兵极其匮乏，战斗力与作战经验与日本相比都有不小的差距，火器装备与日本虽然基本持平，但明朝参战时，日本已占领朝鲜大部分地区，地理优势明显，大批明朝军队暴露在日本精良火器下，明军作战环
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