毕自肃虽然是受害者，但还得向朝廷的士兵们承认错误。他内心受到的创伤要远远超过肉体，作为一个文人，尊严大于一切，有士可杀不可辱的志向，既然己经“辱”了，自然也就“可杀”了，于是他跑到中左所，上吊自杀。
八月份，袁崇焕赶到宁远，对兵变进行缮后，处理相关责任人员。
由于这次变兵的规模很大，四川和湖广兵带头，各营纷纷参与，虽然己经恢复了秩序，但是形势仍然不稳定，不少“疑能者”潜伏在军中，观望形势，随时准备见机行事，如果处理不当，很可能会激起更大的麻烦，因此必须十分谨慎。
袁崇焕和郭广等人商议以后，认为解铃还需系铃人，采取了依靠群众斗群众的策略。应该说这个策略还是比较符合当时的实际情况的，是明智的。
袁崇焕将“系铃人”杨正朝，张思顺找来，宣布宽宥了他们的罪过，但是他们必须负责“解铃”，供出兵变的骨干人员名单并协助擒拿，杨、张二人为了活命，同意了这个交易。
很快，兵变骨干分子田汝栋、舒朝兰、徐子明、罗胜等十五人被捕并斩首示众，伍应元等六人逃逸。
为了防止士兵惊变，打完了还要摸两下。袁崇焕发布告示，宣布只杀这几个罪魁祸首，其余不再追究，以此进行安抚。
子不肖，父之过。教不严，师之惰。兵不驯，将之混。
士兵发生这么大面积的变乱，带兵的将领难辞其咎。
经调查了解，当士兵在广武营聚集，歃血为盟，酝酿闹事的时候，参将彭簪古和中军吴国琦明明知道情况，却采取放纵的态度，没有采取任何措施加以制止（这也可以看出这次兵变的原因并不单纯），尤其是中军吴国琦，负有保护巡抚的责任却没有尽到职责，罪在不赦。
袁崇焕对有关将领进行了惩处：吴国琦被斩首，彭簪古受到批评，等候进一步的处分。都司王家揖、左良玉、杨文朝、李国辅等四人被黜免（左良玉后来复出并在镇压民变的战争中崛起为风云人物）。
可怜之人必有可恨之处。推官苏涵淳、通判张世荣虽然是兵变的受害者，但是前者被认为是一个酷吏，后者被认为是一个贪官，对兵变的发生负有一定责任，也受到了批评和降职的处分。
宁远十三营部队中，只有祖大乐属下的一营基本没有参加兵变，袁崇焕予以嘉奖。
由于措施得当，奖惩分明，各营士兵很快就平静下来，袁崇焕成功地化解了一次危机。
士别三日，即当刮目
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