移宫案获胜后，东林党人再次掌握了政治的制高点，泰昌以来东林党人崛起的态势得到延续并进一步发展，在天启初年达到如日中天的盛况。
此时国家正值多事之秋，努尔哈赤利用明朝世代更替，政局不稳的机会发起新一轮的攻势，攻陷辽沈，进占河东，辽东形势焦头烂额。
面对危局，掌握实权的东林党人并未在挽救国家危亡上提出什么有见解的主张，而是以“三案”为砖头打击政敌，致力于报仇雪恨，掀起了斗争的新*。
天启二年（1622年）二月，东林党人王之寀上《复仇疏》，首次将三案相提并论，翻历史旧账，进行政治清算。
四月，礼部尚书孙慎行追论红丸案和移宫案，弹劾非东林党的首辅方从哲，指责方从哲在红丸案中庇护献药的李可灼，在移宫案中偏向李选侍，故意延迟移宫的时间。
天启将此疏交由廷臣讨论，此时东林党人布列朝堂，共有一百一十多人认为方从哲有罪，只有廖廖数人庇护方从哲，没有加入到墙倒众人推的行列。
然而方从哲这堵墙不是一般的结实，作为官场老油条，方从哲的哲学就是明哲保身，老方一直从事这个哲学，故名方从哲。
他做事八面玲珑，到处和稀泥，比泥鳅还猾，在红丸案和移宫案中，他的表现虽然与东林党不同步，但也没有逆势而上，而是处处迁就，谈不上有什么过失。
但是东林党人认为他占据着首辅的位置，却是个异类，存在就不合理，因此必欲除之而后快，自从泰昌以后，他就坐在了马蜂窝上。
由于方从哲包浆比较好，天启并没有从他身上发现什么瑕玼，东林党人对他的指责都经不起推敲，尽管是千夫所指，天启并没有怪罪方从哲，没有按照东林党人的要求将方从哲罢免，仅是对李可灼和崔文昇进行了处分，东林党人驱逐方从哲的目的没有达到。
厚脸皮的方从哲屡劾不去，像是一个政治不倒翁，在东林党人的包围中，苦苦支撑着最后一个豪华的茅坑，决不让东林党人占着打屎放屁。
方从哲虽然安然无恙，但是“三案”的最终解释权仍然掌握在东林党人的手中，关于“三案”的官方结论，是依据东林党的观点做出的，体现在以叶向高为总裁编写的《光宗实录》中，形成了“关于若干历史问题的最终决定”。
然而这些决定并不是最终的，仅仅是一个开始。
随着时间的流逝，敌我阵营发生了一百八十度的大转弯。天启帝对东林党的态度悄悄地发
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