在鲧被斩杀的时候，东海方丈岛乾坤殿内，闭目静修体悟天道的乾坤老祖却是突然睁开了双眸，唤来青崖童子，让他前去三仙岛将云霄仙子叫来。
待得云霄前来拜见之后，乾坤老祖便是对其吩咐道：“人族如今是虞舜当政，天下出现了很大的水患。人族重臣鲧治水不利，被虞舜命人斩杀。而他的儿子，也就是五帝中的最后一位将在其尸身内诞生。你去将这孩子救下，送到鲧的妻子那里，交由她来抚养。而你，得负责教导这孩子，助他得证人皇道果。”
“是，老师！”欣喜应了声的云霄仙子，连忙离开方丈岛往洪荒大陆而去，到了人族，救出鲧尸体中诞生的大禹，将之送到了鲧的妻子那里。
禹慢慢长大之后，得知了自己父亲之事，便决定为父亲一雪前耻，平定水患。于是，他东奔西走，寻找治水良策。
三十岁时，禹在涂山遇到了涂山氏之女女娇，一见钟情，与女娇结为夫妻。女娇本家是东夷强大的涂山氏，且涂山氏尚处于母系制后期，禹只能做了上门女婿，不过也因此得到了东夷的强大支持，有了立业之基。不过为了治水，禹还是忍痛离开了新婚的妻子，再次踏上了治水征程。
考察天下河流山川之后，禹制定了治水之法，并且亲自去求见虞舜，献上了治水之法。
虞舜亲自接见了他，听了他对治水的看法之后，大为赞同，遂让他主持治水。
禹总结了父亲治水失败的教训，改堵为疏，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。他带领着治水的百姓，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。
禹为了治水，费劲脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息，和妻儿演绎了一场三过家门而不入的传奇故事。
在开山凿道的过程中，不免惊动引来一些山林中的妖族袭击。禹修炼不高，无奈只能求助于云霄仙子。云霄仙子遂将离开方丈岛前乾坤老祖特意赐予他的开山斧以及定海神针交给了禹。那开山斧不但能够轻易劈开大山，对付妖族也是利器，而定海神针更可测量水位，也是禹用来治水的好工具。
不过，在治水的过程中，禹依旧是遇到过自己解决不了的麻烦。比如那淮水无之祁，他乃先天四大灵猴之一的赤尻马猴，善于变化，力敌九龙，且善于控水，就连水神共工也不敢称在控水之术上稍胜他一筹。虽无人教导，但无之祁凭借着天赋异禀，还是修炼到了大罗层次。且凭借着避祸延死的神通，
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