如日中天的织田信长，虽然三人众矢志夺回近畿，可是近畿的豪族们不是笨蛋，对双方的实力自有一番清醒的认识。如果维持这个态势，何去何从，想来各人都会有自己的选择吧！
而作为朝廷，看着眼皮底下的形势，同样做出了选择。
十月初，足利义昭上书朝廷，希望朝廷及关白说明当日前任公方光源院殿遇害之时的详细情况。然后，前任关白二条晴良忽然就跳出来，指责现任关白近卫前久，说他见事不明，处事昏聩，而且很久以前就有渎职及风化之罪责等等，于是朝廷大为震怒，免去近卫前久的关白之职，将他从朝堂上追放。
这件事情的背后，显然是信长在推动。近卫前久是义昭的亲表兄，之前在朝廷对依照屡有关照，对他担任关白，义昭不会排斥，但是却不和信长的心意，所以只好请他让开了。另外，拥立足利义荣的事情，总得找出一个够分量的倒霉鬼出来顶罪，那样能维护朝廷的体面和尊荣，以便准备老店开之事。
关于这一点，义昭虽然有所保留，大概也不怎么抵触，在表兄担任关白和自己担任将军之间，是不难做出选择的。
只是可怜了近卫前久，被朝廷追放后，就在近畿到处流浪，后来前往投靠丹波大豪族、娶了他妹妹（溪江院）为继室的赤井直正，寄居在黑井城的下之馆顺便说一句，这座黑井城，是赤井直正攻杀了松永久秀的亲弟、丹波守护代内藤宗胜后抢过来的。关白之位不能久悬。按照惯例，这一职位是由朝廷职位高的公卿担任。由于正一位多的只授予死人，而太政大臣也是“仪形四海、经邦论道、辩理阴阳、无其人则阙”的稀有货，所以一般就是由从一位左大臣的公卿担任了。目前的五摄家中，一条家的一条内基目前是从三位的权大纳言，鹰司家从前关白鹰司兼辅死后，目前正处于绝嗣状态，拥有这个官职和位阶的，就只有已经被流放的近卫前久，以及都曾经担任过关白的九条植通和二条晴良。而由于前关白九条植通还在摄津国隐居，结果朝廷便任命前关白、左大臣二条晴良再任关白之位。
到了十月十八日，朝廷正是宣下，由足利义昭继任征夷大将军之位，是为室町幕府第十五任大将军，同时还续任从四位下参议、左近卫权中将之职。
以将军之位和关白之位的替为标志，朝廷正是承认了织田家对畿内的控制权，而三好-松永政权也正式成为了历史。
除此以外，和织田家关系亲密的内藏头山科言继也受到擢升，续任正二位权大纳言，作为羽林家出身的公卿，这已经是高的
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