莱登之事前后经历了整整两个多月这才结束，随着孔有德等人押解至京师，这场闹剧也落下了帷幕。
崇祯皇帝对于孔有德、李九成父子等人的处置很快就下来了，包括其部将共计七人，以祸乱之首判处死罪，随后在西市处决。
刘宇烈和王道纯欺瞒朝廷夺去官职遣戍充军，原山东巡抚余大成巡抚地方不力，以至孔有德部叛乱，降职去了南京六部坐冷板凳，山东按察使宋光兰、山东按察司佥事王徵两人夺职。
此外，孔有德叛乱后拿下的临邑、陵县、商河、青城诸城地方官员和山东将领也均有处置，或下狱、夺职或降级留任。至于王象春的王家也没讨得了好，孔有德叛乱的原因崇祯皇帝也搞明白了，如果不是王象春的管家和长子逼迫太甚，孔有德也不会起兵做乱。
得知这个情况后，崇祯皇帝对王象春极为恼怒，王象春居然为了区区一只鸡就逼反了孔有德的辽军，再联想到当初山西军勤王兵变的往事，崇祯皇帝更是生气，如果以后再发生类似的情况，这不岂非要逼反天下的明军不成？
为了杀鸡骇猴，崇祯皇帝打算对王象春严厉处置，原本是打算扣上他一顶逼反孔有德的帽子也处死的，不过王象春毕竟是东林党的骨干，更是上过东林点将录的名人，朝中为王象春说情者不少，并解释道孔有德当初叛乱时王象春并不在老家山东，而是在南京呢，山东的事他根本就不知道。
王家的所为并非是王象春本意，仅仅只是王象春的长子和家仆私下行为，王象春虽然有过，但这个过仅仅只是治家不严罢了，孔有德叛乱从事实和他并不能直接扯上关系，所以杀王象春没这个理由，还请崇祯皇帝明察。
鉴于众人求情，而且言之也有几分道理，最终崇祯皇帝没有处死王象春，只是罢免了他的官职，打发他回乡养老去了。
而对于孙元化的问题，崇祯皇帝看在徐宪成包括首辅周延儒还有徐光启等人为他求情的份上，再加上孙元化在叛乱后所作出的平叛措施也没问题，所以最终崇祯皇帝还是放了他一码。
虽然没有把孙元化下狱严惩，但他的巡抚却没了，除了仅留下一個官身外，孙元化几乎是一撸到底。
这个结果有些残酷，但孙元化却没有半点怨言，反而暗松了口气，崇祯皇帝能如此开恩已是难得，假如不是因为徐宪成和李信的缘故，他孙元化说不定这一次生死难料。
既然有处置也就有奖励，徐宪成此次平叛立下大功，李信身为兵部主事亲临战场同样立功不小。
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