徐宪成当日就准备把奏报和奏书派人送往京师，孙元化却拒绝在奏报上联名，他自己另外写了一封奏书，详细向朝廷说明了孔有德叛变和平叛的经过。
虽然徐宪成等人劝说不必如此，可孙元化却执意这么做，他虽心中感激徐宪成等人，但却知道自己的错误，并不想把功劳揽到自己身上，更不愿意分徐宪成等人的功。
错了就是错了，孙元化这点担当还是有的，而且整个莱登包括山东差一点因为自己的原因酿成大祸，清醒过来的孙元化不想掩饰这个事实，更不希望徐宪成为了帮自己卷入麻烦之中。
自己的问题自己承担，朝廷怎么处置自己都行，对此孙元化下了决心，徐宪成也是无可奈何。
不过徐宪成在给京师送奏报和奏书的时候还给京师那边写了信，把莱登的情况在书信中告知，恳请他们为孙元化在崇祯皇帝面前说些好话，以避免崇祯皇帝过于问罪于孙元化。
其中最关键的为两人，一人是孙元化的老师徐光启，还有一人是现在的首辅周延儒。大家看的没错，眼高手低的崇祯皇帝又换首辅了，前一任首辅干了没多久就被崇祯皇帝给一脚踢出了内阁，现在周延儒成为了首辅。
把奏报和奏书送出后，徐宪成接下来的事就是如何处置孔有德这些辽将。
其中孔有德、李九成父子和其他几个随孔有德一起反叛的辽将问题很好解决，他们的罪责是明明白白的，身为大明将领，却起兵造反，祸乱地方，事实摆在那边，容不得他们狡辩。
但耿仲明等人就麻烦些了，虽然孔有德在开战前给张焘写信，拉拢张焘一起攻击张可大，还说出了等击败张可大后，联军北上，然后联络耿仲明一举拿下登州城的打算。
虽然徐宪成手中有孔有德的亲笔信，但这也仅仅只能证明耿仲明和张焘等人有嫌疑而已，并不能证明他们真的勾结在了一起。
当徐宪成拿着孔有德的亲笔信去见耿仲明和张焘这些辽将的时候，耿仲明和张焘顿时大喊冤枉，口口声声说这只是孔有德的一厢情愿，无非是因为同僚的缘故才写的这信。
他们身为明将，深受朝廷厚恩，怎么可能跟着孔有德背叛呢？何况现在只有孔有德的信，他们一没看见孔有德的来信，二也没半分要跟着孔有德叛乱的想法，如果仅仅因为这一封信就说他们意图叛乱，这不就是莫须有的罪名么？
尤其是耿仲明更是大叫冤枉，他说自从孔有德叛变以来自己从未和孔有德有过来往，更没有私下沟通过。对于孔有德信中
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