崔呈秀罢官倒台后，崇祯皇帝就开始对魏忠贤下手了。
十月初，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，言辞极为激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”，要换在以前魏忠贤根本就不担心这些，因为他背后站着的是天启皇帝。可现在崇祯皇帝不仅没有训斥陆澄源、钱元悫、钱嘉征等人，反而拿着他们的弹劾斥问魏忠贤，这让魏忠贤惶恐不安。
为了保住自己，魏忠贤在崇祯皇帝面前痛哭流涕，大喊冤枉，说自己根本没有做这些事，完全是他们的污蔑。可崇祯皇帝丝毫不为动，朝会让人当着魏忠贤的面宣读这些弹劾奏折，这一态度让魏忠贤“震恐丧魄”，再一次提出辞职。
这一次崇祯皇帝没再挽留，直接答应了魏忠贤辞职的请求，顺手也批准了徐应元养病。
说起徐应元，按理说他是崇祯皇帝的人，因为他和王承恩一样都是信王府的老人。
崇祯皇帝继位后，把徐应元和王承恩都放到了司礼监，其目的是为了分魏忠贤手里的权，替自己做事。
可看不清局势的徐应元是个彻头彻尾的草包，到了司礼监非但没有和魏忠贤争夺权利，反而依附起魏忠贤来。或许是崇祯皇帝对魏忠贤的态度不仅蒙蔽的魏忠贤本人，就连徐应元也给骗了，自以为崇祯皇帝会和天启皇帝一样宠信魏忠贤呢，屁颠颠地直接靠了过去。
这才过了多久，局势就发生了变化，崇祯皇帝开始出手对付魏忠贤，徐应元这才恍然大悟明白了一切。可此时再后悔已经晚了，随着魏忠贤的辞职被批准，徐应元忐忑不安中向崇祯皇帝提出自己身体不好得了重病，需要休养，无法再胜任司礼监的职务。
看在信王府服侍自己多年的份上，崇祯皇帝还是放了徐应元一马，同意了他养病的请求，随后把司礼监的职务给了刚从南京回来的曹化淳。
逼迫魏忠贤辞职后，崇祯皇帝乘胜追击，仅过一个月不到就正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
就此，权势滔天的九千九百岁魏忠贤魏公公彻底倒台，旨意下达后，魏忠贤带着随从离京，离京之日魏忠贤心情复杂，回头眺望京师，不由得黯然泪下。
离开京师，魏忠贤一路南下，朝着凤阳而去。三日后行至阜城，突然就有锦衣卫快马由京师赶来，带来了崇祯皇帝抓捕魏忠贤的旨意。
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