在玄甲军猛烈的炮火声中，山阴、会稽二县不到三日就已陷落。
一万玄甲军、两千锦衣卫分别入驻二县，在短暂的安民之后，锦衣卫开始彻查与郑兵、倭兵勾结的官绅、富商。
两千锦衣卫在绍兴府彻查了整整两个月，绍兴知府、同知、佥事以上的官吏尽数落网，无一幸免；山阴、会稽二县的县令、主簿、县丞、县尉、书吏共三十三人，也抓了二十九人。
整个绍兴府官场几乎被方原彻底的清洗一空，空缺的官位，直接由这两年江南大学堂毕业，正等待分配的青年才俊，还有科举考试中了功名却还在候补等候官位安排的进士、举人直接进驻绍兴府衙门，还有山阴、会稽二县，接管当地政务。
至于绍兴府的乡绅、富商牵连案子里的是不计其数，锦衣卫这次是得了方原的密令，宁可错杀十人，不能放过一个。锦衣卫是挖地三尺的搜查，寻访了绍兴府的百姓、民夫近十万人，只要在坊间传闻有向郑兵、倭寇捐钱粮的，无论真假，立刻逮捕。两个月内，一共抓获主犯五百三十六人，连同家眷至少上万人。
方原当然知道这么血腥的清洗，必然有很多冤枉的乡绅、富商，但能被百姓血泪指控的，毫无疑问是在当地名声不好的，既然平日里都是对百姓敲髓吸血、为富不仁，这次的大清洗被误伤，也算是天网恢恢疏而不漏了吧！
方原这两个月来一直留在绍兴府衙，事无巨细，亲自审实了诸人的罪行。但凡与倭寇勾结的，主犯本人拖到绍兴府的母亲河曹娥江边斩首示众，家眷无论男女老幼，全扔去了福建，自生自灭。
给郑兵、倭寇捐了钱、粮的，无论主动、被迫，按照捐钱粮的数量，捐一罚百，不足部分由土地、房产折价补足。补足了还不够罚的，青壮直接扔去舟山海军基地当苦役，女人就派去给玄甲军士配对。
两个月来，曹娥江下游随时都能见到被处决后，漂浮的尸体。
郑森也曾得到绍兴府官绅、富商的求救书，但郑森麾下的郑兵也只有两万，士气低落，既要守住杭州府的三卫，还要应付驻扎在湖州府玄甲铁骑的威慑，本就在苦苦支撑，哪里还敢分兵去救援绍兴府？只能推脱有疾在身，对求救之人是闭门不见。
绍兴府的官绅、富商没了外援，也曾想过自救，组织起了一些小规模的反抗。但玄甲军目的相当明确，一切与民秋毫无犯，只捉拿官绅、富商。乡间无论是自耕农，还是租种的佃户是事不关己，面对玄甲军的兵锋都是避之唯恐不及，哪里会去给官绅、富商卖命
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