福建的战事还在继续，蓝理、年羹尧坚清壁野的战术给明军向南推进带来了不少麻烦，而蓝延珍的舰队主动出击更是让王东在大意之下吃了个闷亏，尤其是后者，在海上神出鬼没，甚至还威胁到了明军向前线的运输船队。
朱怡成的指示下达时，邬思道就加重了对运输船队的保护，同时也对于前线的物资调拨更为重视，为了保证物资供应，他征得朱怡成同意后把部分物资的运输直接交由浙商进行，以补充民壮的不足，同时也因为有浙商的加入，使得部分闽商见利也加入了进来，两省商人的配合下使前线物资紧张得到了一定缓解。
不过最重要的还是蓝延珍的联合舰队，这支舰队存在严重威胁到了明军南下的整体计划，要想破局，必须解决这个问题，但究竟如何解决，这却不是那么容易。
当初朱怡成打杭州，占南京的时候澎湖水师就用过这一招，蓝延珍面对这种情况并无什么办法，只能和澎湖水师在福建沿海兜圈子，从而失去了掩护蓝理进攻温州的机会。而现在，蓝延珍把对手的战术重演，如果明军以同样方式应付的话虽然可以起到一定效果，可对于水陆两军合击福建的整体战略却无法执行了。
经过仔细盘算，再由庄岩的总参谋部进行推演，明军最后决定采取你打你的，我打我的新战术。南下的水师主力和澎湖水师重新进行组织，在保证澎湖和运输舰队的安全之外，其水师主力对福州以南的清军各港口城市进行袭击战。
这样做，非但能打破被蓝延珍牵着鼻子走的困局，同时也能迫使蓝延珍放弃海上游击战，从而找到同清军水师进行决战的机会。福建沿海上千里，大小城市有十几个，如果再加上广东的蓝延珍南澳老巢和其他城市，那可攻击的目标就更多了。
为此，明军选择了以泉州、厦门、东山、南澳一线为攻击目标，水师主力并不恋战，采取以多打少，以快打慢的战术，对攻击目标也以破坏为主，一时间福建沿海各城损失严重，就连清军在厦门的金门岛都曾被围攻整整一日，躲在厦门港口的福建水师小部根本就不敢出战，明军炮击金门几个时辰后这才主动撤离，而金门工事损失不小，真正死伤者虽然只有百多人，但给予清军在士气上的打击是极其巨大的。
炮击厦门后，明军水师直接又去了南澳，南澳可是蓝延珍的老巢，而且南澳方面根本就没料到明军水师在未解决蓝延珍的联合水师情况下就大摇大摆地南下，一时间仓促应战，差一点儿被明军水师攻破防御。同坚固的金门相比，南澳的损失更大，明军撤
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