自刘建拿下各地后，开始组建新军就成为了头等大事。
陆军第二军，第三军和海军第三舰队，十五万正规军正式组建。
各军兵力由各辅兵之中抽调，将官由军事学院加上立功者升迁而来。
不过这次扩军整顿，刘建还引入了两个新军职。
第一个是直属于参谋部旗下的参谋，参军，除去参谋部旗下外，在所有营一级以上编制中也新增参军，参谋两职，采用派驻的方式，并由参谋部直管，级别与各军副职平级。
另一军职是监军。
不过和古时候的监军不同，刘建的监军以长史，司马两职替代。
长史由新设的长史部负责任命，司马则由军部负责。
不同的是司马更多的负责协助主官指挥训练，作战及各种重大工作的安排，落实，除此之外，司马还负责军队敌工工作，为军队提供作战情报，还有保证军队隐秘和机密等等，而长史则主要负责后勤，组织和军队纪律及各种军队条令的落实，执行，另长史还负责敌军心理战，思想教育以及各军思想，文化教育等等工作。
实际上在刘建的计划中，长史和司马两职基本平分了后世政委的职责。
军职上长史与军事主官平级，司马与副职高半级。
不仅如此，长史和司马同样以队为单位向上设置。
每个队新增长史，司马两人，曲，营，师同样各增加两人，营和师还各增加参军一人，参谋数人。
军一级长史，司马其下又各增加副职数人，负责从旁协助长史，司马开展工作。
不过这些职位虽然也有文官兼任，但刘建并未按照以文御武的方式进行，而是全部授予军职，军衔，按照军队的方式进行管理，不同的是，这些属于军队文职人员和干部而已，说是文官，实际上稍有不同而已。
至于陆海军主将刘兴，刘秉，刘敬，刘续四人，从整编之后，便不再当任一线作战主官，只以陆海军正副总督的身份主管各军。
而原有第一舰队，第二舰队和陆军第一军的军事主官则由原有各师及各大队主官升迁当任。
当然这些新军职主要是陆军，海军稍有不同而已。
就如海军参军，参谋，长史和司马是以船为单位向上任命的，不同的是船只根据船型大小不同，所设副职，副官数量不同而已。
不过海军陆战队则完全照搬了陆军建制和编制。
除去正规军外，原有的巡警军，警备军
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