这一时期白莲道人组成的堂庵遍布南北各地，聚徒多者数千，少者几百，有时尽然可以汇集近万人，规模堪与佛寺道观相比。
堂庵供奉阿弥陀佛，观音，大势至等佛像，上为皇家祝福祈寿，下为地方主办佛事，也有一些修路筑桥之类的善举。
堂庵多拥有田地资产，主持者往往父死子继，世代相传，堂庵的财产实际上是主持者世传的家产，有些头面道人勾通官府，交结豪强，逐渐成为地方一霸。
经过长期流传发展，白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立，有的教徒甚至夜聚明散，集众滋事，甚至有些开始武装反抗元廷统治。
至大元年，蒙元忌惮白莲教势力过大，下令禁止，至此白莲教教徒开始对官府和蒙元抱有敌意，加之其信徒以底层百姓居多，大多目不识丁，又生活艰辛，故而当那场暴风雨来临，黄河决堤，以及那莫道石人一只眼，此物一出天下反的石头人像现世之后，一些白莲教组织成为率先反元的力量，红巾大起义至此爆发。
领导人韩山童，刘福通，徐寿辉，邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王出世和弥勒下生的谶言鼓动那些底层百姓，一时波及了整个大江南北，群雄并起，朱元璋也在这个时期开始慢慢积蓄力量，最终建立明朝。
明朝建立后，虽然朱元璋起身红巾军，但对白莲教同样采用了严禁的态度，故而几乎是明朝刚一建立，白莲教也开始蠢蠢欲动，洪武，永乐年间，四川，江西，广东，山东，湖广等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，还有众多农民起义也是打着白莲教的旗号，最后均被镇压。
永乐中后期之后，民间宗教名目繁多，有金禅，无为，龙华，悟空，还源，圆顿，弘阳，弥勒，净空，大成，三阳，混源，闻香，罗道等数十种，有的甚至一教数名。
它们各不相属，教义颇多歧异，组织，仪轨和活动方式也不尽相同，由于派系众多，信奉的神只也变得极为繁杂，有天宫的玉皇，地狱的阎王，人间的圣贤等等，而最受崇奉的仍是弥勒佛。
一直以来白莲教信徒众多，其主要来自下层社会。
各派内部实行家长制统治，尊卑有序，等级森严。
首领的成分十分复杂，对于未来也多不一致，有的借兴教欺骗信徒，聚敛钱财，有的凭撰写经卷攀附上层，取悦朝廷，有的在宫廷太监，官僚豪门中发展信徒，有的则与下层群众反对官府的斗争相结合，发动武装起义。
如永乐十
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