植和谷王朱橞逃往南京，宁王朱权拥兵观望。朱棣单人赶往大宁拉拢宁王朱权，暗中重金勾结朵颜三卫，最终胁迫宁王朱权随他造反。朵颜三卫的骑兵成了朱棣“靖难军”骨干。再后来，朱棣登基之后，便一改藩王守边政策，辽王、谷王、宁王三王都改封到南方。此外，朱棣还将驻守和林等蒙古境内卫所的明军后撤，退后到长城防线。朱棣退缩防线，赏赐朵颜三卫等归顺蒙古部落，希望以他们作为防范北元残余力量的外围防线。
而朱棣的退缩策略，导致蒙古各部很快就开始叛乱：关外的卫所撤销，明朝失去了了对草原失去控制，因为朵颜三卫和其他蒙古人起源相同，有着千丝万缕联系。所以在明朝卫所撤离后，朵颜三卫要求在大宁卫地区驻牧，明朝的拒绝成了双方矛盾的起因。明成祖时期，朵颜三卫蒙古各部，就联合了鞑靼部首领阿鲁台，他们经常联兵进攻明朝。永乐帝后来连续三年“亲征”，曾率领军队深入屈裂儿河流域，打击支持阿鲁台的朵颜三卫。
终明一朝，原本应该为大明守边的朵颜三卫，实际就是大明的另一个敌人，虽臣服明朝政府，待遇优于其他东西两部蒙古人，瓦剌和鞑靼并立时期，兀良哈人多次依附力量比较强的一方，充当寇掠明边的帮手。明朝中期，瓦剌入侵发生土木堡之变，朵颜三卫兀良哈人不仅没有帮助明朝，却趁机在辽东侵扰。兀良哈人反复在瓦剌、鞑靼、明朝三方间依附，此时朵颜三卫已经完全失去了明朝帮手的作用。
“正是朵颜三卫，不过三卫与建虏早和合污，后金崛起后，其通过战争和联姻手段并吞蒙古诸部，按满八旗的制度分封蒙古八旗。二十几年前，朵颜三卫被满清编封为喀喇沁旗，后又被编为左、中、右，既3个扎萨克旗。随后十几年间，喀喇沁部随着爱新觉罗南征北战，可谓是立下汗马功劳，即便是现在，清虏麾下亦有两万喀喇沁旗兵，目下喀喇沁旗下，因旗丁大半随清虏入关，其蒙地三旗不过只余万余旗丁。”
王文白的这番话，让朱明忠感叹道。
“三卫之夷半入建虏，非我族类，其心必异！此话诚不欺我啊！”
话音落下的时候，他看着王文白问道。
“楚亭，你想法是什么？”
“回大王，三卫祸边数百年，降而复叛，叛而复降，如此反复，今日焉能再受其蛊惑，既然现在其旗下壮丁大都入虏，旗内旗丁不过万余，以标下之见，如大王能派遣数营骑兵，必可趁其势弱之时，将其尽数剿灭，如此，三卫一灭，再建以卫所，如此边患即可平定！”
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