九州军与纪州藩的战斗进入最后的阶段，九州军凭借着火器和人数上的优势，在虎伏山下击溃了由纪州藩领头组建的联军。四月三日，九州大军占领和歌山城，德川赖宣自杀殉国。在德川赖宣自杀前，他将自己的妻妾和子女全部杀死，他知道他们一旦落入九州军的手里会是生不如死的下场。
纪州藩是亲藩，御三家之一，藩主德川赖宣是德川家康第十子，是近畿实力最强的藩。德川赖宣战败，意味着整个近畿已经无人能抵挡九州的大军。
虽然和歌山城的抵抗非常激烈，但在九州军进入和歌山城之后，九州军并没有屠城，仅仅是针对德川赖宣一家采取了必要的手段。郑芝龙是不会留下任何一名德川家的人。
九州军在夺取纪州藩之后，继续挥师东进，近畿各藩藩主逃的逃，降的降。在四月中旬，九州军便夺取了整个近畿。
在击败纪州藩之后，郑芝龙和王赛儿一致同意迁都京都。五月二十八日，良仁在京都在登基。大明也派出了使者参加了此次登基仪式。在参加完登基仪式之后，兴子被送往了大明。
六月六日，九州王郑芝龙宣布将政事处置权交还给天皇，九州王以后只负责军事事务，在东瀛将实行完全的军政分离。九州王此举赢得东瀛上下赞许，同样也获得了朱由校的赞许。
王赛儿为了抵抗九州王的势力，加强与大明联系，她希望能与大明皇室结亲。而朱由校也同意王赛儿的要求，他几番筛选之后，将蜀王的女儿许配给了良仁，成为了良仁的皇后。至此，东瀛皇室与大明的皇室拉开了联姻的序幕。
被九州逼入绝境的幕府，在保科正之的主持下，第一次尝试与九州和谈。而郑芝龙也同意了幕府的和谈要求。
在良仁天皇的主持下，幕府与九州展开了和谈，但是和谈的双方提出条件差距极大，导致双方和谈毫无结果。
九州一方强硬地提出三点要求：第一，德川家纲需臣属九州王，并且要到京都觐见；第二，德川家纲的母亲阿乐夫人需到京都为人质；第三，德川家纲需离开江户改封领地。
这三点要求太过苛刻，德川家根本是不可能接受的，而且这三点要求和当时德川家康为了寻求与丰臣家开战提出的要求几乎一样，这也被德川家认为是对幕府的羞辱。双方的和谈破裂，幕府和九州开始积极备战。
幕府接连丢城失地，实力已经大不如前，现在只能防御。而九州刚刚获得近畿，需要一段时间来消化，尤其是京都骚乱，无疑大大延长了消化的时间。
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