山人民军管辖范围之内的所有军政大权。
设立政务院，由左右仆射负责，右仆射由铁算公闻焕章担任，左仆射由文曲酒仙娄敏中担任；政务院下设八个部门，秘书司司长圣手书生萧让、财政司司长神算子蒋敬、商业司司长飞天虎扈成、外交司司长小旋风柴进、教育司司长浩然书生陈东、农业司司长八斗书生祖士远、医疗司司长阎王敌范百龄和后勤司司长笑面虎朱富。
另后勤司下设伙房署，由小庖丁武植负责；库房署，由母大虫顾大嫂负责；农牧渔场，由菜园子张青和母夜叉孙二娘负责；兽医署，由紫髯伯皇甫端负责。
设立军务院，军务院的领导机构是军机处，也就是之前的梁山军事委员会改编的，军机大臣设定为十三人，分别是太学狂生吕将，小关羽云天彪，铁算公闻焕章，智多星吴用，小留侯许贯忠，神机军师朱武，豹子头林冲，赛秦琼王进，大刀关胜，须眉侠士萧嘉穗，入云龙公孙胜，赛雄信刘广和混江龙李俊。
军务院下设八个部门，分别是参谋司，政治司，装备司，后勤司，编练司，军法司，情报司和警备司。
参谋司的作用概括起来无外乎两点：一是辅助决策，或者说决策支持，也就是作为军事主官的大脑，负责搜集处理信息、制定计划、对企业战略和管理的重大问题进行专案研究；二是监督决策的执行，也就是作为军事主官的耳目，对决策执行的各环节、各阶段进行跟踪考察，将各执行部门的情况及时分析、反馈到决策层，结合外部环境的变化提出意见和建议。
参谋司由须眉侠士萧嘉穗出任总参谋长，神机军师朱武，小留侯许贯忠，太学狂生吕将，入云龙公孙胜和女诸葛刘慧娘担任副参谋长，其他参谋数目不等。
政治司的作用在晁盖看来就是让将士们明白他们是为了什么而参军，为什么而战斗，保证梁山最高首脑的路线、方针、政策、指示在军队军队中的贯彻执行，保证梁山人民军统帅对军队的绝对领导，保证三军在思想上同人民军的目标保持高度一致。
政治司的司长依旧是智多星吴用，政治司重中之重，而吴用又是梁山元老级别的人物，晁盖让他掌管政治司，就是间接的控制了梁山军队的大脑，到时候即便是有哪一个将领想要造反起义，他手底下的士兵也是不同意的，这就从根本上解决了类似“赵匡胤黄袍加身”的事情。
装备司的作用就是负责梁山人民军的装备的研发和装备，可以说梁山军队的所有武器装备全是由装备司调拨的。
装备司的
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