议、军法审判诸事；兵部则负责募兵训练、后勤供应、国防宣教诸事。
而地方上。
因为卫所制度早已名存实亡，再加上朱由校取消军户等户籍制度、改革路引制度，允许士民自由外出（限国内）与定居，尤其是现在商品经济进一步发展，进入到蒸汽时代后，各卫所就更加没有什么人，即便还有的，军官都已变成了事实上的地主，而卫所士兵则已成为自耕农或佃农。
所以，朱由校已在天启十五年下诏彻底废除了卫所制，陕西都司改为甘肃布政司，卫改为府、千户守御所改为县，百户守御所则改为乡或镇，人口多的则升为县，重新编户。
因朝廷默认世袭军官家族历代兼并的军户土地为其所有，再加上军户本就没有了多少，且朝廷已有足够的常备军，也就没有遇到多大的阻碍。
除此之外，天下营兵，也就是招募的职业兵，皆整编为大明国防军。
至于近卫军、勇卫军、虎贲军则与锦衣卫、西厂皆属于帝军，其中近卫军和锦衣卫属于帝军中的羽林禁军。
所谓帝军就是京师的军队，不负责驻守地方，只负责出征和拱卫京师。
现在兵部负责整编的西征军团也属于帝军，代表皇帝出征。
只有等打下某地后，某地才由枢密院征调国防军入驻防卫。
……
“兵马未动粮草先行，兵部部议认为，这次组建的西征军团因有十二万规模，所以需要提供的后勤供应不是一件容易的事，非有经验的大臣调度不可，而这非现任漠蒙总督王在晋不能胜任。”
卢象升在关于大明西征的廷议上对朱由校如此进言道。
朱由校听后说道：“据朕所知，他一向是不主张对外扩张的，可无可奈何的是，朝廷每次的对外进军都得用他，他也因此跟着得军功，希望他能习惯这种非己所愿却又因此加禄的生活，调任他为陕甘总督，负责此事！”
“遵旨！”
卢象升回了一句。
接着，朱燮元起身奏道：“陛下，西征统帅的职位还未定，另外，廷推这次挂帅出征的人有孙传庭、周遇吉、秦可卿，亦请圣断。”
“孙爱卿需留京统筹调度和培养后进，秦爱卿年迈，不宜远征西北，何况将来在西南改土归流，还要靠她，周遇吉这些年也历练了出来，又正当壮年，正适合替国朝出征，铸定西大将军印，令其任定西大将军，国朝以往派将出征只挂将军职，未免不够彰显国威，以后皆改为大将军，由五军都
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