针对原有公立医疗机构工资制度不合理的问题，从2013年开始实行新的工资总额核算制度，将医院总收入结构分为三块，即药品耗材、检查化验、诊查护理床位以及手术治疗收入。
医院人员工资总额计算仅与医疗服务性收入挂钩，切断医院人员工资与药品耗材、检查化验收入的直接联系，从而遏制医务人员“大检查、大化验、大处方”的问题，破除医院逐利机制。同时，将查处的违规使用的医保基金从工资总额中直接扣除。
从2016年开始，要求医院降低医疗成本，提高运行效率，又剔除床位费和不计费耗材收入，从“以药养医”转变为“以技养医”，充分体现医务人员技术劳务价值。从2017年开始，医保基金实行打包支付后，结余资金按80%计入工资总额。2019年，进一步明确医院当年度发放工资总量由当年度工资总额、按疾病诊断相关分组绩效考核奖励资金、慢性病一体化管理绩效考核奖励资金和家庭医生签约服务收入4个部分构成。
3.实行目标年薪制
三明市参考医师收入高于社会一般平均收入3～5倍的国际惯例，从2013年起对三明市22家县级及以上公立医疗机构医师实行目标年薪制。医师年薪由基本年薪和绩效年薪两部分构成。医师年薪按照城镇在岗职工平均工资水平的2～3倍来确定，并动态调整。目前，不同职称等级的医师其目标年薪从11万元～30万元不等。
从2015年起，实行公立医疗机构“全员目标年薪制、年薪计算工分制”，实现目标年薪全员覆盖，并实行同工同酬，突破人事编制与聘用的界限。院内人员年薪以工分制计算，即年薪计算由基础工分、工作量工分和奖惩工分三部分组成，彻底打破了人员工资与科室创收挂钩的分配模式。另外，还要求医院必须对本院上一年度薪酬发放情况进行院内公示，让每个职工相互了解薪酬发放情况，体现公平公正透明，防止暗箱操作，充分调动医务人员积极性，逐步实现“三个回归”。
4.建立健全薪酬保障机制
三明医改挤压药品耗材流通领域水分、规范医务人员不合理的医疗行为，推动药品耗材“量价”齐下，为调整理顺医疗服务价格腾出空间。通过“腾笼换鸟”动态调整医疗服务收费价格，提高医疗服务性收入的比重，逐步实现医疗服务性收入、药品耗材收入、检查化验收入分别占比5：3：2的目标。据统计，先后8次动态调整理顺医疗服务价格，共转移增加医院医疗服务性收入达57.39亿元，提
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