区有二至三支球队参加全国总决赛16强赛。全国总决赛16支球队由七个大区（分区与城市足球联赛相同）的前两名和东道主球队、上届冠军队组成。如果上届冠军队和东道主球队都在大区赛16决赛中进入前两名则由本大区的第三名顶替名额参赛。
全国共分东北、华北、华东、华南、华中、西北、西南七个大区，除西北大区由六个省市区组成华北大区由五个省市区组成以外，其他五个大区都由四个省市区组成。考虑到均衡性的安排，辽宁、北京、山东、上海和广东都分布在不同的大区。与其他非职业联赛和校园足球联赛不同的是，CSFL允许香港和澳门的大学在华南大区报名参赛。
CSFL与CUFL最大的不同其实不在分区更细化更合理，让参赛球队更多更积极。最大的不同其实是在学习NBA经验和韩国大学生联赛经验再结合国情进行的夏季窗口选秀活动。每个赛季大足联赛结束后，大足球员都可以报名参加中超、中甲和中乙俱乐部的选秀活动。
因此，只要是在大足联赛表现出色的队员，就算没有得到俱乐部球探或者职业公司球探的推荐也还有一个机会进入职业足球俱乐部踢球。有些球员就算得到职业俱乐部的试训邀请也曾经拒绝，因为还可以通过表现去申请参加选秀，有可能被更有实力的俱乐部看中，获得更好的职业合同。
借鉴NBA的经验，CSFL选秀也制定了弱队优先的原则，这可以让球队具有更均衡的实力和竞争力。平衡因为市场调节所产生的国内大学生球员的分布和出场机会。一些大学生球员宁愿到弱队去是因为可以更容易打上主力，一旦打出自己的水平则由机会入选国奥、国足二队，甚至国足一队。也有可能被强队以高额转会费、高额年薪挖过去，这笔高额转会费将起到帮助弱小俱乐部平衡财政的积极作用。
CSFL的三个祖别分别是超级组、普通组和高职组。超级组由体育专业学院或者设有体育专业的院校参加，也可以由组建了校园俱乐部的普通大学报名参加；普通组则是全国普通高校都可以报名参加；高职组由全国职业技术院校参加。只要没有获得全国职业球员认证系统注册的球员都可以报名参加，专科、本科、研究生大学生都可以参加。
有些大学通过特招的方式将一些从小进行专业训练的足球学校的学生招进自己的校队来提高校队实力。但是经过专业训练的队员都只能参加超级组比赛，而不能报名参加普通组和高职组的比赛。一些在足球学校训练中不能得到足球学校认可或者不能获得更好
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