七年前，当天外陨石降临到RB涉谷之上的时候，跟随陨石来到地球的除了那翠绿色如同翡翠一般的陨石外，更有宇宙生命体‘异虫WORM’。从那一天起，数量不可估计的‘异虫WORM’拟态成人类融入到人类社会之中，寻求种族的生存之路！
从那个时候起，一单接一单人力不可解释的神秘连续杀人事件进入到人类高层的眼中，于是乎，在大量的人力物力支持下，人类终于意识到‘异虫WORM’的存在。
在这个时候，拥有能够媲美，不，甚至是超越人类智慧的存在也出手了，他们是早就潜伏在人类世界之中默默隐藏自己‘原虫NATIVE’！
严格来说，‘原虫NATIVE’和‘异虫WORM’是同种族的存在，不过在进化路上，‘原虫WORM’选择了高战斗力的进化路线，而‘原虫NATIVE’则选择了高智慧生命体的进化路线！
虽然同样潜伏在人类之中，虽然同样拥有拟态的能力，但是‘原虫NATIVE’本身所具有的战力就不强，而且由于高智慧的缘故，缺乏原始的进化欲望，所以蜕皮成成虫的难度是‘异虫WORM’的千万倍！
当然，虽然自身战斗能力不强，但是在高智慧的指引下，‘原虫NATIVE’早在1971年的时候，就推动了假面骑士计划！
深懂谋略的‘原虫NATIVE’更是慢慢隐居幕后，让人类代替他们走在舞台上与‘异虫WORM’战斗！
是的，虽然‘原虫NATIVE’和‘异虫WORM’是同种族的存在，但是相方却也是互相对立的存在！或许这是因为他们的基因中战斗天性的缘故，他们都想通过征服对方，来证明自己所选择的进化道路才是正确的！
这是一场关于种族理念的战争！
在‘涉谷陨石事件’后，‘原虫NATIVE’察觉到‘异虫WORM’的降临后，他们早就渗透入人类高层之中的同伴就开始行动，在他们这无形之手的推动下，组织ZECT正式成立，以往‘原虫NATIVE’经营的一切统统投入到这个组织中，披上了为人类存亡而努力的伪装！
那个时候，在各方高层的推动下，虽然依然是地下工作，但是效率却十倍百倍地提升着，世界各方的人才精英统统被吸收进组织之中，其中代替死去的日下部总一教授继续假面骑士计划的就是横空出世的天才科学家，九十九翔星！
外貌看似只有十多岁的九十九翔星，只用了不到一个星期的时间就用智慧征服了整个实验所内的
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