按照规定，内阁阁员不能在朝廷各大部院衙门掌事，是皇帝专门用来制衡各大部院的机构。
从历史上来看，内阁和六部之间是一种相互制衡的关系，互不统属，平起平坐，不会不出现有人既是内阁阁员又是六部堂官的事情。
六部之首吏部尚书和内阁的首辅谁在朝中的话语权高要比拼资历，谁的资历高那么谁就会在对抗中占据优势，但也仅仅是占据优势而已。
内阁唯一能死死压住六部的时期是万历年间张居正当内阁首辅的时间段，这段时间六部被内阁吃得死死的，不过张居正死后内阁无法再压制住六部，反而是六部变得更加强势一些。
值得一提的是，张居正之所以能压制六部，是因为与司礼监掌印太监冯保交好，又得到太后的支持。
这使得原本由司礼监代皇帝行使的决策权、内阁的建议权与六部的行政权统归张居正一身，大权独揽，成为了大明历史上的无冕之相。
万历皇帝后来之所以要清算张居正，与张居正担任内阁首辅时的僭越关系密切，毕竟君权是封建社会皇帝的禁脔，无论张居正是为了私心也好还是锐意改革也罢，都触犯了皇帝的“逆鳞”，在封建社会绝对是“大逆”之举。
可以想象出，年幼的万历皇帝在独揽军政大权的张居正面前是何等的小心谨慎，说不定还会因为做错了事情被呵斥，这份如履薄冰的心情非常人所能体验到。
虽然年幼时的万历皇帝对此无可奈何，不过待他亲政尤其是张居正死后情形就不一样了。
所谓人走茶凉，张居正的死意味着一个时代的结束，同时也是他的那些政敌们吹响反攻号角的时机，由此一来张居正的命运也就可想而知了。
故而，内阁和六部的关系并不像民间所传的那样是上下级的统属，而是平级的制衡关系。
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