随后新田义信了解到地利及各支城的配置之后，发现想简单地攻陷三木城是不可能的事情，三木城意外地强大，并拥有许多支城的支持。
他对着众人，苦恼道：“三木城周边的支城对我们攻略三木城造成了很大的麻烦啊。”
本多正信提出建议，说道：“新田大人，在下以为，既然在攻打三木城之前，这些支城会影响我军，那就不如先把三木城周围的别所家臣子城砦攻下，以免他们之后再相互呼应。”
新田义信接受了这个建议，他便分兵攻打周边的城砦。经过定了攻击三木城各支城的顺序，先攻下了野口城，接着神吉城和志方城先后落城，终于对三木城完成了基本的包围阵势。
探知三木城兵粮丰富的新田义信，派出斥候前往调查，并很快地发现了毛利的援军从鱼住之浜和高砂城向三木城不断地输送物资。
他立刻率军向高砂城进军，但是黑田官兵卫担心城内兵马会和毛利军联手，有战败的危险，新田义信仔细思考后，认可了这个建议，于是布置了一支兵马防备。
果不其然，在岛津军进攻高砂城的时候，毛利军突然登陆，朝岛津军发起攻击，本多正信连忙领兵杀出，与新田义信夹击毛利军，毛利军立刻撤退。
最后新田义信立刻编组大军发动第二次的攻击，高砂城主梶原景行在城破损没有胜算的情况下，将城兵送入三木城，自己出家改法名为龙庵到刀田山鹤林寺的林中蛰居，放弃了城池。
成功地切断三木城粮道的新田义信，很快又发现毛利的援军从兵库港将粮食运入花隈城，通过丹生山，从澹河城山中的通道将武器和军粮送入三木城的途径。
新田义信立刻发动攻势，将丹生山上的砦烧毁，并将佛教传来的圣地明要寺也一同烧毁。
之后岛津军向澹河城发动攻击，被城主澹河弹正定范用计略大败。澹河弹正定范在作战获胜之后，立刻与一族郎党一起进入三木城笼城，使岛津军上演了一出大兵进攻空城的大失态的表演。
就这样，新田义信将三木城的粮食通道一个一个切断，将三木城的包围圈逐渐缩小。
这时，新田义信发现川中出现许多竹筒。感到不可思议的他命令人调查，发现这些经过三木川流入三木城的竹筒中都装满了米，是胁川的教海寺门信徒将粮食暗中送入三木城中的。
因为岛津军佛门圣地的缘故，他们才会支援别所安治，新田义信因为岛津忠直，也对佛门没有好感，因此立刻派兵将教海寺焚
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