队提供支援，主要是对付美军的大型水面军舰。
巡逻部队：指挥官为第二潜艇大队司令今和泉喜海军大佐，由“伊，19”号、“伊，21”号和“伊，23”号三艘潜艇组成，在编队航线前方航行，担负侦察警戒。
中途岛破袭部队：指挥官为第七驱逐舰大队司令小西要人海军大佐，由“潮”号、“涟”号两艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成，任务是炮击中途岛牵制美军。
补给部队：由“极地丸”、“极东丸”、“健洋丸”、“国洋丸”、“神国丸”、“东邦丸”、“东荣丸”和“日本丸”等七艘油船组成，负责为编队进行海上加油。
在大部队出发之前，日本先派出了先遣编队，指挥官为第六舰队司令清水光美海军中将，这些部队分别是：
第一潜艇部队：指挥官为第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将，下辖“伊，9”号、“伊，15”号、“伊，17”号、和“伊，25”号四艘潜艇，在瓦胡岛东北展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
第二潜艇部队：指挥官为第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将，下辖“伊，1”号、“伊，2”号、“伊，3”号、“伊，4”号、“伊，5”号、“伊，6”号和“伊，7”号七艘潜艇，在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开，监视并伺机攻击美军。
第三潜艇部队：指挥官为第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将，下辖“伊，8”号、“伊，68”号、“伊，69”号、“伊，70”号、“伊，71”号、“伊，72”号、“伊，73”号、“伊，74”号、“伊，75”号九艘潜艇，在瓦胡岛以南海域展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
特别攻击部队：指挥官为第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐，下辖“伊，16”号、“伊，18”号、“伊，20”号、“伊，22”号和“伊，24”号五艘潜艇，各携带一艘袖珍潜艇，在空袭前将袖珍潜艇放出，由袖珍潜艇自行潜入港内，必须在第一攻击波开始后才能乘乱从水下发射鱼雷进行攻击。
要地侦察部队：由两艘潜艇组成：“伊，10”号侦察斐济、萨摩亚群岛：“伊，26”号侦察阿留申群岛，这些潜艇主要是密切注意美军的动静，以及时反馈给司令部，但是这些部队并沒有起到很好的作用。
补给部队：由“隐户丸”、“东亚丸”、“新玉丸”、“第二天洋丸”、“日立丸”、“富士山丸”六艘油船组成，部署在本土和夸贾林群岛，为先遣部
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